（1）价格高。
与其他饲料原料相比，鱼粉的价格偏高，故是影响日粮成本的重要因素。从经济效益角度考虑，鱼粉的用量需要严格控制。在肉鸡、蛋鸡日粮中，鱼粉用量以2％～5％为宜。
（2）易自燃。
鱼粉中的脂肪在氧化过程中，会释放出大量热量；鱼粉中的磷被化学分解后，可释放出单质磷，单质磷燃点很低。所以，鱼粉保存不善，很容易发生自燃现象，养殖户必须对此给予高度重视。
（3）易变质。
鱼粉中一般含有组胺及其化合物，容易引起家禽肌胃糜烂，特别是储存不良导致变质的鱼粉，组胺含量会更高。组胺在鸡饲料中占到0.4％就可以引起典型的肌胃糜烂。劣质鱼粉中组胺含量可高达5％以上，其危害可想而知。鱼粉腐败后会产生腐胺、尸胺等生物胺，还有醛、酮、烃类等不良气味的物质，这些物质既影响饲料适口性，也会对动物产生毒害作用。
（4）易污染。
如果加工方法不当或者运输、保存不善，鱼粉容易被大肠杆菌、沙门氏菌、肉毒梭菌、蜡样芽孢杆菌、黄曲霉菌等多种有害微生物污染，危害动物健康，甚至导致死亡。因此，国内有关部门规定，曾祖代鸡日粮不用鱼粉，祖代鸡不用或少用鱼粉。
（5）含盐量高。
鱼粉含有一定盐分，进口鱼粉含盐量为1.5％～2.5％，国产鱼粉含盐量为4％～5％，但受原料、加工工艺等因素影响，有的鱼粉含盐量可能会高达15％～20％。如果配制饲料时忽视了鱼粉中的含盐量，就可能导致畜禽中毒，尤其容易引起雏鸡死亡。
（6）易掺假。
鱼粉价格高、利润大，不法商贩常常在鱼粉中掺假或者以次充好而获取暴利。常见的是掺入饼粕类饲料和具有强烈鱼腥味的添加剂。养殖户必须注意鉴别鱼粉的品质，防止掺假、以次充好等影响养殖效益。
（7）易串味。
使用鱼粉作为饲料，容易使畜禽产品沾染不良气味。劣质鱼粉的腥臭、腐臭或哈喇气味，既影响饲料的适口性和营养价值，也容易影响产品质量。
