1.预防措施
(1)首先要对草鱼亲本的防治，确保亲本无病毒感染，以防在春季繁殖的幼苗成为病毒携带者。
(2)清除鱼种池塘过多淤泥，并用200毫克/升生石灰或20毫克/升漂白粉消毒，或清淤后，排干池底的积水让太阳光暴晒7-10天。
(3)鱼种下塘前用四烷基季铵盐络合碘全池泼洒(0.3毫克/升浓度的溶液)。
(4)加强饲养管理，进行生态防病定期加注清水，泼洒生石灰。高温季节注满池水，以保持水质良好，水温稳定。投喂优质适口饵料。关键的要依据草鱼食性，因为它是草食性鱼类，从江苏省溧阳市水产良种场的养殖一龄草鱼种实践表明，从夏花开始以投喂青饲料为主，并先投青饲料做到“先青后精”，以鹅菜、黑麦草、苏丹草、浮萍、黑叶轮藻等优质青饲料，搭配全价熟化无公害营养平衡饲料投喂，连续5年没出现由草鱼出血病。其他附近的专业户专喂精饲料，含蛋白质为28%以上，每到7-9月，草鱼种出血病爆发，爆发后死亡率高达75%以上，对专业户养殖效益严重受损。实践表明，主养草鱼应以青饲料合理搭配科学投喂，促使草鱼不同生长期所需不同营养，满足正常生长发育的营养，同时增强免疫力和抗病能力。
2.人工免疫预防
用草鱼出血病疫苗进行人工免疫预防，目前主要有两种方式免疫，一是浸洗法，以0.5%疫苗液浸洗夏花24;或用2%-3%盐水浸2-3后再放入疫苗液中浸洗5-10，同样用0.5%疫苗液。二是注射法，8厘米草鱼以采用腹腔注射或背鳍基部注射，每尾注射疫苗0.3-0.5毫升。免疫产生的时间随水温的升高而，10℃时须30天，15℃时须20天，当水温20℃以上时只需4天，免疫力可保持14个月。
3.药物防治
在流行季节每月投喂下列药饵1-2个疗程，有一定的防治效果。
(1)每100千克鱼每天用0.5千克大黄、黄芩、板蓝根(单用或全用均可)再添加0.5千克和盐拌饲料投喂。连续5-7天若加入些限量的抗菌药则效果更好。
(2)每万尾鱼种用大黄或枫香树0.25-0.5千克，研成粉末，煎煮或用热开水浸泡过滤，与饵料混合投喂，连服5天，同时再遍洒硫酸铜0.7毫克/升。
(3)金银花500克、菊花500克、大黄500克、黄柏1 nbsp500克，共研成细末备用。每亩水面平均水深1米，用上述细末750克，混合后加水适量全池泼洒。
(4)板蓝根、黄芩、大黄、苦木按下述比例混合合成复方药物：板蓝根70%，苦木30%，黄柏32%，大黄36%;三黄(黄柏、黄芩、大黄)50%，苦木 50%，每100千克鱼每月投药饵2.5-2千克，其中每用中药粉500克，加限量磺胺类药物5克，连续投喂5-7天。
(5)克列臭--鱼服康内服。每100千克鱼体里用100克，制成药物颗粒饲料投喂，每天1次，连用315天。
