诊断鱼病应采取由表及里的方法，即先检查鱼体外部，再检查鱼体内部；每一部位的检查，都是先用肉眼检查（简称目检），然后用显微镜检查（简称镜检）。着重检查病鱼的体表、鳃、肠道，这就是“三查”。查体表 据一般经验，病鱼体表充血、发炎、鳞片脱落是赤皮病；若病鱼鳃盖或鳍基部充血，表皮充血不明显，肌肉呈点状充血或块状淤血是出血病；病鱼腹部膨大，肛门红肿呈紫红色，轻压腹部有乳黄色液体流出是肠炎病；尾柄及腹部两侧有火烙样的红斑或表皮腐烂是打印病；生有棉絮状的白色物是水霉病；体表黏液较多并有小米粒大小、形似臭虫的虫体是鱼虱病；体表有白色亮点，离水2小时亮点消失是小瓜虫病；体表有白色斑点，白点之间有出血或红色斑点是卵甲藻病；部分鳞片处发炎红肿，有红点并伴有针状虫体寄生是锚头鱼蚤病；鱼成群在池水表面或池塘周边狂游，且头部充血呈红色，死亡多且迅速，一般是车轮虫病；病鱼尾柄表皮发白是白皮病；病鱼在水中头部或嘴部明显发白，离水后不明显是白嘴病；鱼下唇突出呈簸箕口状，则是因时常缺氧浮头引起；病鱼眼球突出、脱落，且鳞片松立，一般为池水有毒所致；鱼体呈弯曲状是池水中重金属离子含量较高或有机磷中毒所致。查鳃打开鱼鳃盖，检查鳃有无异样，正常的鳃丝整齐、紧密，呈鲜红色。鳃丝腐烂发白，尖端软骨外露，并有污泥和黏液是烂鳃病；鳃丝发白呈贫血状，很可能是鳃霉病或球虫病；鳃丝末端挂着像蝇蛆一样的白色小虫是中华鱼蚤病；鳃部浮肿，鳃盖张开不能闭合，鳃丝呈暗淡色是指环虫病；鳃丝呈紫红色并伴有大量黏液多为有机氯中毒所致；鳃丝呈紫红色，黏液较少则为经常缺氧浮头所致。查肠道打开病鱼腹部，正常的鱼肠管中充满了食物或粪便，肠壁呈鲜红色。肠管全部或部分充血呈红色，肠壁不发炎是出血病；充血发炎且伴有大量乳黄色黏液是肠炎病；肠道呈白色且前段肿大，肠内壁有许多白色絮状小结节为球虫病或黏孢子虫病。根据“三查”所掌握的有关情况，再结合发病季节进行综合分析，就可以比较准确地诊断鱼病，从而做到对症下药，收到药到病除的效果。
