在饲料原料或养殖水体中存在着一些天然产生的污染物质，主要包括霉菌毒素、氧化酸败物、重金属、聚氯联苯、农药、原油和烃类，这些物质毒性大，危害严重，不仅降低饲料营养，而且引发多种疾病。在一定温度和湿度条件下，许多霉菌能在饲料原料或成品饲料中大量繁殖，产生一些有致癌作用、细胞毒性或神经毒性的霉菌毒素，其中以黄曲霉素较广泛存在，且毒性较大。黄曲霉毒素可引起鳗鱼肝、肾受损，有致癌、致死作用，但对鳗鱼的半致死量(LD50)还未见有报道。由于鳗鱼价格较贵，鳗农一般都不会投喂已霉变的饲料.但饲料厂在配料时，要注意所用原料不要受到黄曲霉污染。农药、聚氯联苯、原油和烃类是由于农田施药残留、化工厂排污、炼油厂冒漏等引起水体污染，这些物质对鳗鱼的毒性很大，可引起鳗鱼肝肿大，发育异常，有致癌、致死作用。其中有机磷、有机氯农药均能破坏鳗鱼神经系统的正常生理机能，能抑制神经能量的传递而封锁离子的输送作用。有机氯农药对鳗鱼的直接毒害作用虽然没有有机磷农药明显，但它比有机磷农药稳定，可在鳗鱼体内蓄积，造成严重的隐患。重金属主要指汞、铅、锌、镉、镍等，重金属对鳗鱼的危害有外毒和内毒两种，外毒是与鳃、体表分泌的粘液结合成蛋白质复合物，覆盖整个鳃和体表，并充满鳃瓣间隙，使鳃丝的正常活动发生困难，鳗鱼窒息而死；内毒是重金属离子通过鳃及体表进入鳗鱼体内，与体内主要酶的催化活性部位中的硫氢基结合成难溶的硫酸盐，从而抑制了酶的活性，妨碍机体的代谢作用，引起鳗鱼死亡。因此选择养鳗用水时要注意水质分析，尽量选择不受污染的水源。同时要保护好水环境，加强全民环保意识。
鳗鱼饲料的主原料——鱼粉在运输、贮藏过程中会发生蛋白质分解，产生一系列毒素，如组胺、腐胺、尸胺、酪胺、草丙胺等，对鱼类危害很大。现有研究较多的是组胺，组胺是组氨酸的分解产物，是组氨酸在莫根氏变形杆菌、组胺无色杆菌等细菌存在的组氨脱氢酶作用下，脱去羟基后形成的一种胺类物质，鳗鱼摄入一定量的组胺后会引起中毒。所以鱼粉鲜度的好坏对鳗鱼饲料的品质及鳗鱼的生长至关重要，可用组胺含量和挥发性盐基氮(VBN)作为鱼粉鲜度的衡量指标，一般鲜度好的鱼粉组胺质量浓度＜100mg/立方分米，VBN＜60×0.00001m/m。
