鸭霍乱主要为败血性病理变化，肉眼可见的表现为浆膜和黏膜上有小点出血。肝脏表面有针头大小、灰白色、边缘整齐的坏死点；脾脏肿大、表面有大小不等的坏死点；心冠沟、心内膜、心外膜出血和心包积液；肺充血和出血；十二指肠和直肠黏膜出血，腹腔内、胃和肠系膜脂肪表面出血。1.最急性型最急性型死亡快，剖检无明显病理变化。2.急性型急性病例以败血症为主要变化。十二指肠的出血最为严重，发生严重的急性卡他性肠炎或出血性肠炎，肠内容物中含有血液；肝脏肿大，色泽变淡，质地稍硬，表面散布针尖大小的黄色或灰白色坏死点；脾脏稍肿大，质柔软；心外膜下或浆膜下常见点状或片状出血，心包积液，偶尔混有纤维素性凝块；肺充血，表面有出血点，有时有肺炎；产蛋母鸭的卵巢常呈成熟卵泡疏松外观，表面血管模糊不清。3.慢性型慢性型的病变因病菌入侵的器官而异。有的表现鼻腔和上呼吸道内积液，有的在关节和腱鞘内蓄积混浊或干酪样的渗出物。母鸭的卵巢常发生明显变化，卵子形状不整齐，质地柔软，有时可见到一种淡绿色的卵子，卵巢周围有一种坚实、黄色的干酪样物质，有时粘在内脏器官的表面；肝脏稍肿，呈土黄色，质地脆弱，表面密布针尖大小的灰黄色坏死点，胆囊肿大，充满绿色油状液体；眼角膜下有出血小点和浅表溃疡；心外膜有出血点，心包积液明显，呈淡黄色、透明，内混有纤维素。
