表3高蛋白质玉米、普通1级玉米及高赖氨酸玉米的氨基酸消化率比较
猪饲料氨基酸真消化率（％）
鸡饲料氨基酸真消化率（％）
高蛋白质
普通玉米，
高赖氨
高蛋白质
普通玉米，
高赖氨
玉米
GB 1级
酸玉米
玉米
GB 1级
酸玉米
粗蛋白质
9.4
8.7
8.5
9.4
8.7
8.5
精氨酸
89
88
91
98
93
100
组氨酸
87
86
91
95
96
94
异亮氨酸
87
87
83
89
90
94
亮氨酸
92
92
87
96
96
96
赖氨酸
78
77
79
89
85
95
蛋氨酸
90
88
83
92
92
97
胱氨酸
86
84
82
84
90
89
苯丙氨酸
90
89
87
94
94
92
酪氨酸
89
90
87
93
95
100
苏氨酸
82
82
81
88
89
94
色氨酸
84
88
94
-
85
89
缬氨酸
87
88
84
91
91
93
以计算一个典型的肉仔鸡配合饲料为例，选用的饲养标准为0～3周龄肉仔鸡的营养需要量，所采用的原料有普通玉米、高赖氨酸玉米、豆粕、棉籽粕、用粉、磷酸氢钙、石粉、蛋氨酸、赖氨酸、食盐、玉米油。在给出原料价格、用量限制并按线性规划原理由系统生成的配方模型列在表4中。为考察两种玉米的性能价格比，特给定两者的价格相同，如表 4所不均为 0.92元／kg。
利用远程配方系统对表4所示配方模拟（配方l）及从表4模型中去掉高赖氨酸玉米所得配方模型（配方2）分别进行优化计算，其计算结果一并列在表5中：
配方1是在模型中同时提供2种玉米并不附加用量限制的前提下，自由优化出的满足所有约束条件下的最优配方，表明在高赖氨酸玉米的价格与普通玉米持平时，它能部分替代普通玉米的使用量（本例为 10．40％），说明普通玉米的营养综合性能在这一特定的配方模型下优于高赖氨酸玉米。这与当初人们选育高赖氨酸玉米品种，寄期望改善其氨基酸的平衡性，提高其使用价值，一般情况下认为其性能价格比优于普通玉米的初衷有出入。如果市场上高赖氨酸玉米的价格高于普通玉米，那么就目前国内的高赖氨酸玉米的品质而言，与普通玉米恐怕更无竞争力。从表2、表3的数据不难看出，尽管通过选育确实达到提高赖氨酸含量的结果，但是伴随的结果是其他氨基酸尤其是含硫氨基酸的含量下降，这就向品种选育工作提出了挑战。这也是为什么高赖氨酸玉米迟迟不能大量推广的原因之一。
