一、寄生性疾病
1.白斑病(又叫瓣体虫病) 体表出现形状不规则的白斑，严重时白斑扩大连片，头部、皮肤、鳍和腮表面粘液明显增多，游动迟缓，呼吸困难，死亡后胸鳍向前后僵直，几乎紧贴在腮盖上。致病体是石斑鱼瓣体虫，寄生于赤点石斑鱼的腮、体表和鳍上。用2×10-6浓度的硫酸铜海水溶液浸洗2小时，次日重复一次，疗效显著。或用淡水洗澡20分钟或更长时间，也可杀灭石斑鱼瓣体虫，治疗白斑病。
2.白点病(又叫小瓜虫病) 病鱼体表出现直径0.5毫米~1毫米的白色斑点，粘液增多，鳞片脱落，厌食，体色变黑。小瓜虫在腮部寄生破坏腮小片，致鱼呼吸困难，直至死亡。在水温30℃左右，白点病传染很快，几天内整个网箱或鱼池的石斑鱼都会被感染。致病体是刺激隐核虫。用淡水浸浴30分钟～60分钟，或用100×10-6浓度的甲醛海水药浴30分钟～1小时，3～5天一次。有条件的最好能搬移到别的地方，避免重复感染。
3.回旋病(又叫粘孢子虫病) 病鱼在海面呈不正常的回旋游泳，下不了深水层。致病体是脑粘体虫。预防方法是鱼种放养时用0.34×10-6浓度的高锰酸钾药浴10分钟，保持水质清新。
4.指环虫病 病鱼体表失去光泽，食欲不振，游泳迟缓。有的鳍条溃烂，体表和腮部粘液增多，局部鳞片脱落，一侧或两侧眼球突出、发炎、坏死或脱落，游泳失去平衡，打转转。致病体是指环虫。用淡水浸洗5～10分钟，每天一次，连续2～3天，疗效较好。
5.吸虫病 吸虫大量增生时，可引起病鱼游动缓慢，腮上粘液增多，腮部有的部位淤血，有的部位贫血呈淡红色，严重时会因呼吸困难而致死。致病体是石斑双鳞盘吸虫、分性双吸虫、石斑鱼异性双吸虫等。治疗方法可参考指环虫病。
6.隐鞭虫病 病症与吸虫病相似，病原体是隐鞭虫，可用淡水或0.15×10-6浓度的高锰酸钾溶液浸洗20分钟杀灭。
7.鲺 病 鲺寄生在鱼体表和腮部，用吸盘吸取鱼体养分，造成腮组织的完整性受破坏，导致呼吸功能受损，最终使患病鱼体死亡。鲺繁殖和传染很快，特别是在海水温度 较高的季节。目前还没有既不污染环境又行之有效的治疗方法，因此养殖生产中应注意保持水质清洁，可有效预防该病的发生。
淀粉卵加藻、锥体虫、角孢子虫、车轮虫等寄生虫对石斑鱼危害也较大。此外，线虫病是石斑鱼较常见的寄生虫病，感染率很高。特别是在网箱养殖条件下，饲料鱼的线虫对石斑鱼的感染甚为严重。有时体腔内出现数十条，因病症不明显而未引起重视。
二、细菌性疾病
1.烂尾病 尾部体表充血发炎，皮肤溃烂，鳞片脱落。鱼病灶边缘充血发红，中央浮肿溃烂，严重时肌肉和骨骼外露，鱼体失去平衡，数十天死亡。多发生在4～10月份，死亡率很高。主要的病原体为弧菌。预防可用0.34×10-6浓度的高锰酸钾药浴20分钟，还可用抗生素缓解病情。严重时可背肌注射消炎抗菌类的注射液等。
2.溃烂病 病鱼主要症状是行动迟钝，游出水面，各鳍及基部溃疡，甚至遍体鳞伤。溃疡面大小不等，形状各异。溃烂面会加深，最终死亡，死亡率很高。致病菌是创伤弧菌。发病季节为4～11月份。用FU(一种药物)浸洗3分钟～5分钟，内服抗生素，可控制病情。利用创伤弧菌强毒菌株植被的福尔马林灭活疫苗、热灭活疫苗和创伤弧菌中提取的粗制脂多糖，通过肌肉注射接种青石斑鱼和鲑点石斑鱼都能获得良好的免疫保护。
3.细菌性白斑病 病鱼体两侧最初出现指印状红斑，少数情况下可在头部和尾部发生，病灶部位稍有隆起。随着病情的发展，病灶转为白斑，此时鳞片稍有竖起，较易脱落。鳞片脱落后白斑更为清晰。病鱼食欲丧失，死亡率高达90%以上，流行在冬季。预防措施是避免鱼体损伤。用中草药类和消炎药物可缓解病情，但效果不明显。
三、其他病害
1.营养性障碍综合症：病鱼鳔内充气，腹部鼓胀，失去平衡，在水面或网箱底部打转，所以俗称“膨胀病”“打转病”。组织切片可见肝脂肪变性、坏死、空泡化、细胞核溶解。病鱼鳃和内脏器官出现局部或全身炎症，在水面浮游数天后死亡，死亡率较高。流行季节5～10月份，用药物“清胀宁”防治，效果较好。
2.增生性肾脏病 病鱼有不同程度腹胀、倒浮或侧卧，鳍和体表溃烂，一侧或两侧眼球突出、瞎或瘸，体表发黑或发白，即为石斑鱼养殖中严重流行的“胀膘症”。血白细胞平均占48.09%，单核细胞占2.82%，明显高于正常值。病原体是一种原生动物粘体虫，发病率较高，用中国水产科学研究院南海水产研究所研制的药物“鱼宝散”投喂，效果显著。
