扇贝人工育苗的生物病害最常见的是桡足类和石灰虫。这两种敌害生物在扇贝附着变态后出现。桡足类与稚贝争夺饵料，致使附着稚贝或浮游幼虫严重缺少饵料而死亡，石灰虫除与稚贝争夺浮游植物外，还能分泌一种酸性有害黏液抑制稚贝生长。1993-1994年，有人曾遇到大量石灰虫分泌黏液致使稚贝停止生长发育，最终全部死亡，损失极大，1999年又遇到这种情况，因发现及时，采取倒池清理消毒后才获得大量苗种，效益显著。
扇贝幼虫期和稚贝期培育时，在育苗池中经常出现生物敌害。除上述两种危害性较大的生物敌害外，还有游捕虫、罽虫、线虫等寄宿在幼虫软体内，搅碎幼虫有机体并吃食，使幼虫致死；轮虫、孑孓、海生残沟虫与幼虫争食，败坏水质，使氨氮含量升高，亚硝酸盐增加，减弱幼虫活动能力，慢慢沉于池底死亡；猛水蚤用强硬大螯捣碎幼虫壳，致幼虫死亡，导致水质恶化，污染培育池水，影响幼虫正常摄食生活。
预防敌害生物措施：控制水质净化，在育苗池入水口加套滤水罩袋，防止敌害生物流入池内；严格检查饵料质量，有原生动物的饵料、老化下沉的饵料、死残池底的饵料不能投喂。一旦发现有敌害生物出现，立即倒池，把幼虫全部滤出，池子消毒，放入新鲜海水中培养。药物处理方法：用3～5毫克/千克敌百虫杀死猛水蚤，2～3小时后彻底换水，纤毛虫、鞭毛虫用0.4毫克/千克硫酸铜杀灭，2～3小时后大换水，减少对幼虫生长的影响。
