在泥鳅养殖过程中，要注意做好病害防治工作。主要病害有赤皮病、水霉病、气泡病、车轮虫病、舌杯虫病、农药中毒及其他生物敌害等。主要病害及防治方法如下：
1、赤皮病：患病泥鳅体表局部或大部出血发炎，尤其是身体两侧及腹部最为明显;鳍条基部充血，鳍条末端腐烂，鳍间组织破坏。
防治方法：(1)、尽量减少围捕泥鳅和长途运输等的擦伤或碰伤，每次围捕和运输后使用药物进行消毒，可用聚维酮碘(含有效碘1.0%)1-2克/立方米全池泼洒。(2)、患病池用漂白粉1克/立方米全池泼洒。
2、水霉病：表现为病鳅行动迟缓，食欲减退或消失，肉眼可见体表生有白色絮状物，最后衰弱致死。在孵化季节流行，能大批受精卵死亡。
防治方法：(1)、避免鱼体受伤，水真菌往往在受伤部位寄生繁殖;(2)、鳅种下塘前用4%食盐水浸浴;(3)、泥鳅感染时用0.04%小苏打和0.04%食盐混合液全池泼洒。
3、打印病：患打印病的泥鳅身体上病灶浮肿，一般呈椭圆、圆形，浮肿有红斑。患处主要在尾柄两侧，似打上印章，故名打印病。流行于7—9月份为流行季节。
防治方法：(1)、用漂白粉化水，全池泼洒，使池水的浓度为1克/立方米。(2)、每立方米用2—4克的五倍子进行全池泼洒，连用3天。
4、车轮虫病：寄生于鳃部和体表。患病后摄食量减少，离群独游，严重时虫体密布，如不及时治疗，轻则影响生长，重则会引起死亡。流行于5—8月份。
防治方法：(1)、用生石灰清塘后再放养泥鳅;(2)发病后每立方米水体用0.5克硫酸铜和0.2克硫酸亚铁合剂全池泼洒。(3)、每立方水体用晶体敌百虫0.7克全池泼洒。
5、舌杯虫病：寄生于泥鳅的皮肤或鳃上，平时摄取周围水中的食物作营养，对泥鳅没有多大影响。但若大量寄生在鳅苗上，会造成呼吸困难，严重时导致鳅苗死亡。一年四季都可发病，以5—8月份较为普遍。预防主要是应在鳅种死亡。一年四季都可出现，以夏、秋季节较为普遍。
防治方法：(1)、流行季节用硫酸铜和硫酸亚铁合剂挂袋。(2)、放养前用8克/立方水硫酸铜溶液浸洗15—20分钟。(3)、发病后治疗则用0.7克/立方水硫酸铜和硫酸亚铁(5∶2)合剂全池泼洒。
6、气泡病：症状表现为泥鳅吞吸气泡，浮于水面不能下潜，腹部鼓气，苗期易发生。
防治方法：合理投喂，防治水质恶化。发病后立即加注新水，并用食盐化水泼洒，每亩水面用食盐4-6千克。
7、农药中毒：农田中使用的各种化学农药，其残毒会不同程度地污染水质，使泥鳅中毒致死。此症易给稻田养殖泥鳅造成很大的损失。所以，为了确保泥鳅安全，必须严格控制农药使用量和洒药方法。
8、其他敌害：主要有鱼类、水生昆虫、蛇、蛙等。
防治方法：(1)、养殖泥鳅的池塘，要用生石灰彻底清塘。(2)、注、排水口应设密网拦滤，严防有害的鱼类、水生昆虫、蛇、蛙等进池塘危害鳅苗种或成鳅。(3)、若发现池中有水蜈蚣，应用90%的晶体敌百虫按5克/立方浓度全池泼洒杀灭。
