鳄龟机体一个或多个组织、器官的功能障碍或失常即视为鳄龟疾病发生。鳄龟疾病是由多种因素引起的，往往在养殖水质恶化、生态环境遭到破坏时最易发生。这是因为恶劣的养殖环境会造成龟体抵抗力下降，对病原的敏感性增加；同时，不良的水质亦抑制了正常和有益微生物菌群的生长繁殖，继而引发病原微生物的大量滋生，使养殖水体中病原微生物尤其是条件致病菌的数量和密度迅速增加所致。究其原因，鳄龟的病害是由环境条件、养殖对象即鳄龟自身和病原三者之间综合作用的结果。
1.环境因素
鳄龟疾病发生的环境因素包括养殖条件和人为因素。
( 1 ）养殖条件
① 水温：鳄龟是变温动物，其体温的升降随养殖环境温度变化而变化。如果温度急剧升降，鳄龟机体产生应激反应便可能发生病理变化甚至死亡。此外，各种病原微生物在适宜的养殖温度条件下会大量增殖，从而使病害发生概率大幅度提高。
② 水质：鳄龟在较好水质环境下有利于其生长，尤其在苗种期。如果酸碱度过高或过低、溶解氧太低、环境中污染废物积累等均会影响鳄龟摄食和消化吸收，引起抵抗力下降，结果导致生长发育迟缓、发生畸形等。若水体中亚硝酸盐等有毒物质含量过高则会引发鳄龟慢性或急性中毒。
③ 栖息场所：外塘养殖的鳄龟需提供良好的栖息环境。好的栖息场所应具备较好的隐蔽环境，有晒背场，无噪音，无空气污染。如果栖息环境受到污染，会引发鳄龟生理机能失调和抗病力下降。
④ 底质：池塘淤泥中含大量营养物质，可通过细菌分解及离子交换作用向水体中溶解和释放，为生物饵料的生长提供了极为有利的条件，而且还可保肥和调节水质。但淤泥堆积过多，有机废物含量过大，会使水质变酸，易导致鳄龟中毒。此外，淤泥中的营养物质也是病原微生物的良好培养基，某些物质还能促进病菌毒力增强。因此，淤泥堆积越多，疾病发生的概率也越高。鳄龟具有冬眠钻泥的习性，故底层水质和底泥状况对鳄龟的正常生理活动无疑极为重要，鳄龟在开春冬眠复苏阶段发生的伤亡与底质恶化密切相关。温室无砂养殖水泥池虽没有池塘养殖的淤泥，但在鳄龟养殖后期由于龟体代谢旺盛，所排泄的有机废物亦易形成淤积的成片底质，其在微生物分解过程中一方面消耗掉水体中大量溶解氧，同时释放出硫化氢、沼气等有毒气体危害养殖鳄龟。所以必须重视水质底质改良和及时排污。
⑤ 通风条件：鳄龟是肺呼吸的动物，良好的通风条件也必不可少。池塘养殖的环境基本能满足其通风的需要。但近年许多中华鳖温室直接套养鳄龟，恶劣的通风状况易使鳄龟发生呼吸道疾病。
( 2 ）人为因素
① 放养密度：为提高单位产量，人工养殖常进行高密度饲养，然高密度养殖会引发许多问题，疾病传染的概率和传染速度都会大大地增加。包括摄食的争夺加剧等都会不同程度地影响鳄龟的体质和抗病力。
② 机械损伤：由于鳄龟苗种从美国等国家进口，经长途运输抵达各养殖地点，且苗种的运输均集中在温度较高的夏季和初秋，因此在运输和装箱等操作过程中易造成操作损伤，加之运输途中小鳄龟堆积挤压，相互咬、抓、颠震，易导致机械损伤，从而容易感染病原微生物引发病害产生。此外，苗种产地与我国养殖地域的温差过大也会使小鳄龟的抗病力降低。虽目前我国已解决鳄龟的苗种繁育问题，但繁育基地亦集中在温度较高的地区，仍然存在运输、温差等导致的机械损伤。
③ 营养条件：鳄龟机体必需的营养物质缺乏或不足，可引起动物机体机能的障碍发生营养缺陷病甚至死亡。此外，食物利用率低影响鳄龟早期的发育与生长，尤其是出现大小不匀状况后会导致产生弱小、伤残龟，继而为致病微生物的滋生与增殖提供了更有利的条件。
④ 饲养管理：良好的饲养管理是防病养殖的关键所在。管理不当或疏于管理会直接导致养殖鳄龟的生长速度减慢、摄食状态不佳、水质条件恶化等一系列不良连锁反应，并错过病害早期发现和诊断防治的最佳时机，继而致使疾病暴发流行，随之进入养殖的恶性循环。尤其在苗种经长途运输后的开食管理更为重要。小鳄龟经运输挤压和温差等不利因素的影响，运抵养殖目的地后需经一段时间后才能开食，否则易导致消化系统疾病。此外，运抵后须对机械损伤进行有效处理，经消毒剂或皮肤敛口药剂浸浴后人池，并对养殖水体进行消毒处理。
2.生物因素
鳄龟在疾病发生过程中，自身的免疫力、种质质量以及所生活的水域环境里的微生物菌群等生物因素也具有重要的作用。
( l ）鳄龟自身免疫力：相对而言，稚龟和幼龟对疾病的抵抗力较弱，成龟和种龟的抗病力较强。此外，在不同的生长季节和发育阶段其抗病力有所差异。低温冬眠时，鳄龟的生理代谢较弱，对病害的抵抗力较低。种龟在交配产卵后的生活阶段免疫力也会发生下降。鳄龟的自身免疫分为特异性免疫和非特异性免疫。
鳄龟的特异性免疫力是龟机体受到病原微生物等抗原异物刺激后产生的获得性免疫。除极少数细菌和病毒侵人在一次获得特异性免疫后可终身免疫外，绝大多数病原引起的特异性免疫力都有一定的时间限制，经一段时间后此特异性免疫力就会消失。非特异性免疫则是由生理状态和身体防御结构形成的对疾病的抵抗系统。因鳄龟的年龄、营养、体温不同，其非特异性免疫力有所不同。一般营养状态良好、两三年龄鳄龟的非特异性免疫力强。若营养不良可直接导致鳄龟的抵抗力降低，投喂不科学使龟取食不正常或食物营养搭配不协调，缺乏维生素、矿物质等，都可导致其生长受影响和病害发生。身体防御系统包括体表、背腹甲屏障和吞噬细胞等生理防线。当鳄龟经运输或其他人为操作导致机械损伤后极易感染疾病，概因其重要的天然屏障被破坏从而使病原侵人所致。因此，加强饲养管理，控制和改善鳄龟养殖水体的环境条件，减少人工操作的损伤，增强鳄龟机体的抗病能力可从根本预防鳄龟病害的发生。
( 2 ）水体微生态系统：养殖水体内的微生态系统与鳄龟的健康养殖有着紧密的联系，此系统包括鳄龟体内的微生物菌群和体外水域里的微生物系统。众所周知，微生物菌群含有对养殖动物有益的微生物群体，也含有致病的有害的菌群。一般条件下，微生物与其周边生存的环境形成一种平衡关系，即构成一种微生态平衡。但在人为养殖过程中，密度增加、强化投饲、药物投喂与消毒、换水施肥等在一定程度上破坏了原有的水体微生态平衡，抑制了有益微生物的生长，致使有害微生物滋生、致病微生物数量急剧增加，从而引发养殖鳄龟发生病害。因此，维持养殖水体微生态平衡，将病原微生物控制在发病临界点以下对于鳄龟的疾病防治具有重要作用。
引发鳄龟疾病的病原微生物主要有病毒、细菌、真菌和原生动物等。通常由此类致病微生物引发的鳄龟病害具传染性，危害性较大。
( 3 ）其他生物侵染：鳄龟养殖同一水域内的其他生物有时也会引发疾病。如病原体的其他宿主可成为养殖鳄龟的传染源。蚊虫叮咬也会引发炎症和其他传染性疾病。
