鸽蛋通过生产种鸽泄殖腔产出和产入蛋窝时，鸽蛋壳表面会沾染上很多细菌和病毒，这些细菌和病毒在适宜的条件下大量繁殖。肉鸽种蛋受到污染不仅影响其自身的孵化，而且污染孵化设备，传播各种疾病。虽然从鸽蛋壳结构上看，鸽蛋壳内外有几道屏障，但这些屏障对病菌的阻止能力有限，大量繁殖的病菌会突破其阻止侵入鸽蛋内部，有些病菌会直接导致胚胎死亡，臭烂腐败；有些病菌则在雏鸽孵出后发病死亡，并传染给没死亡雏鸽的后代。因养鸽行业人士郑重提醒广大养鸽户肉鸽种蛋必须经过严格、认真的消毒，才能进行孵化。
养鸽行业人士技术科多年实践研究得出肉鸽种蛋消毒的原则：一要对实行消毒的工作人员无害，二要不损伤种蛋胚胎，三杀灭细菌和病毒要干净彻底。因此实行消毒工作一定要严格，认真的做好。下面列举养鸽行业人士试验验证的两种肉鸽种蛋消毒方法：
1、甲醛熏蒸消毒法
甲醛熏蒸消毒法是目前国内外使用最普遍的一种消毒方法，消毒效果良好，消毒的用具可自制,用小方木条做一个立方体木框,木框上面和周围4面用塑料薄膜封闭,底面空着。把码好种蛋的蛋盘一层层摞好,再把密封闭塑料薄膜的木框扣在蛋盘上面（上图右）。消毒时把封闭塑料薄膜的木框掀起10-20厘米，把装有甲醛的陶瓷或玻璃容器先放到木框里面，然后再向容器里放进高锰酸钾，迅速放下木框，熏蒸20分钟即可。每立方空间用甲醛42毫升加21克高锰酸钾。甲醛又叫福尔马林，本身有至癌作用，应避免与人的皮肤接触；甲醛与高锰酸钾反应剧烈，瞬间即能产生大量有毒的气体，操作时动作要迅速，防止操作人员吸入有毒的气体。甲醛熏蒸只能杀灭表面的病菌，沾有脏物的种蛋要先清洗再消毒；熏蒸时种蛋表面不要有水珠，否则会影响胚胎发育。种蛋入孵8小时后，不能再用甲醛熏蒸消毒。
2、三氧化氯泡沫消毒剂消毒法
近年来国外开始采用三氧化氯泡沫消毒剂消毒种蛋，效果比较好。三氧化氯泡沫在使用时，不破坏蛋壳胶膜，而且省药安全、省力，省药、无气雾、无回溅。三氧化氯泡沫呈重叠状，附着于蛋壳表面时间长，杀菌彻底而对种蛋无伤害。据实验，用三氧化氯泡沫消毒剂消毒脏鸭蛋，可提高孵化率。具体消毒方法是：用40PPm三氧化氯泡沫消毒剂消毒种蛋5分钟即可。三氧化氯泡沫消毒对减少蛋壳及蛋内细菌效果及佳，特别适合容易受污染的水禽类种蛋的消毒。
