在水草水族箱中，物理因子的条件是否适当，以及水质化学因子的管理能否稳定控制，都会直接影响到水草本身的生理组织或生理机制，不当时都能引起相当程度的损伤。
１、寒害
市面所见的水草，绝大多数原产于热带与亚热带，比较适合它们的水温介于20-28°C之间，若水温过低常会引起不良的反应，称之为寒害。寒害除了直接威胁水草生命之外，常会出现下列症状：
1．代谢机能降低，使生长停滞或萎缩。
2．组织生理变化异常，叶托组织瓦解，形成枯叶或落叶。
3．水草组织局部或全部坏死，导致根、茎或叶部的腐烂症状。
２、温伤
水温太高常使水草的叶或其他幼嫩组织发生温伤，其常见症状如下：
1．茎或叶皱缩、扭曲，水草不正常的拉高现象等生长形态的改变。
2．叶片萎黄化或落叶。
3．茎叶溶解、腐烂。
３、脱水症
水草的生理脱水症，其症状在轻微时叶形会变小且呈浓绿色，尤其幼叶无法展开而呈卷曲状；严重时则由幼叶叶尖及叶缘开始腐烂，逐渐蔓延至老叶，最后整棵水草枯萎而死。造成水草生理脱水症的主要原因是人为的施肥过量，使水中总离子浓度过高所致。因此，定期换水以及月肥料施加量的控制，都是避免水草生理脱水症的必要步骤。
４、药伤
当为治疗鱼病或除藻而加入过量的硫酸铜时，最初可使水草根部的发育停止，并自根的先端开始枯死，茎叶则发生萎黄化并在叶面出现褐色斑点。其他鱼病治疗用药亦绝大部份会对水草产生不良影响，甚至迅速出现枯萎、腐烂的现象。因此，在使用鱼药时必须仔细阅读使用说明书，了解它对水草的影响，然后再作适当的处理。等鱼病治愈后，马上更换水族箱的水，不过最好的方式仍是将病鱼取出单独进行处理。
５、光照不足
红蝴蝶、红柳等这类以红色色彩做为观赏目的的水草，在光照不足的状况下就会展现绿色的形质以维持生长的基本条件。基本上执红色形质的花青素其行光合作用的能力较弱，相对的对光照的条件会要求更多，才能维持光合作用的效率；一旦光照条件不足时，行光合作用能力较强的叶绿素就会取代花青素进行光合作用。所以，当这类水草无法展现其漂亮的红色色彩时，我们就应该注意到该加强光照系统了!
