在培育鱼类和水生植物的同时，我们也该重视其生存环境。水质不只受鱼类及饲料成分的影响，同时也会因植物的生长或死亡而改变；这些影响水质的因素或物质，有的份量较轻。有的却举足轻重。
鱼类改变水族箱中的水质
加入水中的人工饲料，对鱼类及水质都有绝大的影响。鱼类会消耗氧气并释放(排泄)大量的化学物质，如：尿酸、氮化合物(氨、亚硝酸盐)等。水中的细菌会分解这些物质的大部分，并将之转化为矿物质。当然，在分解的过程中亦得消耗大量氧气。慢慢地，水中的硝酸盐和磷酸盐含量就会升高，而碳酸盐硬度及酸碱值(pH值)就会下降。
水草改变水族箱中的水质
蔓生的绿色植物，尤其是茎状植物在白天会消耗二氧化碳，而全天都会消耗氧气以及有机矿物质。光合作用白天会释放氧气并吸收二氧化碳而导致水中pH值的升高，叶面上也会出现碳酸钙的沉淀。水中饵料过多的话，有时会导致植物生长停滞，待植物死亡后，其中贮藏的养分如淀粉等会释放于水中，致使水中养分增高，氧气含量则锐减。
何谓水族箱中的生态平衡
很多人深信。只要在水族箱中放养一定的鱼和植物。水族箱内的生态便可永保平衡稳定。其实并非如此。如果照那种方法来做的话。水族箱里的生态绝对是一种倾斜--面倒的现象。第一种可能是：鱼类占据了整个水族生态的优势。它们藉着充分的养料(如：硝酸盐和磷酸盐)而大量繁殖，所排泄的过多废物和毒素却阻碍了植物的生长。混浊的水质更促成了蓝藻、菌类及鞭毛藻类的过度繁衍，最后，这些藻菌会压倒植物而和鱼类称霸整个水族箱。第二种可能是：植物占了优势。它们消耗掉大部分的二氧化碳，造成碳酸化合物增加，而鱼类及细菌的养分都大量减少，最后整个水族箱生态均被迫停止生长。
为什么一开始妥善的安排，竟会演变出令人意想不到的结果呢?那是因为我们根本就不该奢望能一劳永逸地保持水中生态的平衡。
如果水中的生态失衡而呈一面倒的现象，用肉眼是很容易辨识出来的，问题是那时已回天乏术了，所以，一有失衡的倾向时，就应该密切注意。若要测知目前水中的优势是鱼类、藻菌或植物，可用滴定检验法。当水中磷酸盐含量高于0.1ppm且硝酸盐含量大于30ppm时，表示鱼类占了优势；反之则表示植物占了优势。
水中缺氧时，最明显的现象是早上发现鱼缸里飘浮著死鱼，或是鱼儿们在水面痛苦地挣扎呼吸。水中若是缺乏二氧化碳，则会在植物叶面或底部发现白色的碳酸钙沉淀，同时水的pH值也会升高。
氧气的需求
在植物占优势的水族箱内，要加装水流循环装置，促使植物形成的氧气完全溶解于水中，让鱼类及菌类都能得到供应，并可保持水质的清澈。而在鱼类占优势的水族箱中，则要加装流通式滤水设备、喷水装置以及渗透（或回转）式装置，一方面可过滤水中过多的排泄物及毒素，一方面则可增加水和空气接触的机会。
二氧化碳的需求
如果水中栽培的植物不多，而照明设备微弱，那么水中的二氧化碳倒是不虞匮乏；但若种了太多生长快速的绿色植物或色彩鲜丽的植物，最好定期在水中放置少量的干冰（固态二氧化碳），以防二氧化碳之不足。
植物所需之有机肥
在鱼类占优势的水族箱中，含有大量主要的有机矿物性养分，此时植物需要一些稀有微量元素肥料，如铁化物等，以促进其生长。反之，在植物占优势的水族箱中，几乎没有硝酸盐和磷酸盐的存在，因此必须小心施放饵料（切勿过量），以促进鱼类之生长。但是不要使用含氮、磷质的饲料，因为这些成份太强，会杀死水生植物。
水族箱中的过滤工程
装置过滤设备有几个好处，其一是它能清除水中污浊的成分，使水质看起来美观清澈；再者它可以防止污泥或细砂粒沉积在植物表面；此外，它还能促进水的持续流动，使鱼类及植物所需的养分，均可充分地散布水中；负责分解排泄物和毒素的细菌，也会寄居在过滤设备上（若无过滤设备，它们极不易在漂动的水中繁随），而不致散布水中，对鱼类产生威胁。
为什么要换水
相信很多人认为，为水族箱换水是一件麻烦而不愉快的工作；但是，不做的代价却是换来水族箱内一切生物的瘫痪。首先，水生植物会因鱼类饵料过量或不足而死亡，于是水的碱度增高、硬度变大，乃造成鱼类的病变而难以活存。
换水是十分重要的工作。但是，如果久久突然换一次水，而且是换掉大部分的水，再加上忽然把净水设备洗得很洁净的话，那么您将看到一场整个水族生态完全崩溃的精彩好戏。由于pH值、硬度和温度的急剧改变，以及水生细菌数量锐减种种因素，促使鱼儿们因休克或氮化物中毒而死亡。且水中的物质浓度一下子大量降低，会使植物被迫释放出它的养分，植物本身则因衰竭而死！那么强烈的突变改变，叫水族生态如何去承受？请不要忘记，人工的水族箱可不比大自然界的水域！自然界的水域下几场豪雨也改变不了其本质，但小小的水族箱里，只要倒一杯水下去，却也得叫鱼儿和植物适应好几天的呢！
如何换水
有不少水族专书推荐一个办法：每两周一次，换掉水族箱中10～20%的水。这对一个植物占优势的水族箱来说是很合适，但对鱼类占优势的水族箱而言却不太恰当。专家曾经同时检测过好几个大小不同的水族箱，并发现其中硝酸盐成长率每周增加约10～50ppm不等。换言之，每星期硝酸盐含量都比前一星期增加约30％。您当然可以削减水族箱中的鱼类来降低硝酸盐的生成量，那就省事多了；但您可能不会那做，如果您养的鱼样都是精选品种的话，只有多花点心思来照顾水中的鱼儿和植物喽！
某些地区的自来水中，含有高量的碳酸盐或硝酸盐沉淀，硬度非常大，用之于水族箱前非得先行处理不可。此时可放一片酸苹果在此类硬水中，设法将这种硬度高达7°dH的自来水降到1°dH的硬度；更重要的是，换进水族箱的新水，其硝酸盐含量不应高于1ppm。
应用计算例
如果水中硝酸盐含量为每周增加10ppm（1ppm＝1毫克／公升），那么每周应该换掉30％的水，几星期以后便会达到一个新的平衡点。事实上，每周清除的硝酸盐含量，最好等于每周新生成的硝酸盐量。假设换水前水中硝酸盐量为33ppm，换水后则为23ppm（倒入的新水中不得含有硝酸盐成分）；两周以内，水中的硝酸盐含量会在23～33ppm间上下起伏，平均为28ppm，这种稳定的含量有助于较敏感的植物生长。
若每四周换掉20％的水量，而每周水中硝酸盐增加量仍设定为10ppm。通常一个月内被清掉的硝酸盐和新生成的量是相当的，假设换水前水中硝酸盐含量为200ppm，换水后为160ppm（换掉了20％），二者的中间值为180ppm，此时的水质便不利较敏感脆弱的植物生存。
快速生长的水生植物会吸收大部分的硝酸盐，一些当做本身的养分，一些则原状再排出，虽然使硝酸盐含量不升反降，但是换水的工作仍须进行不辍，否则水中还会缺乏许多物质（如钙、镁等），而且鱼类饵料所产生的氮化物（超过5ppm时），也会对整个生态造成威胁。
什么是最重要的
水族养殖工作中，最重要的就是兼顾其全体生态。而谋求的共同目标，便在于安定、健全的互动关系，亦即在鱼类和植物间谋求一个平衡点。所以，换水便成为一件意义重大的工作。不论使用生物式或化学式的硝酸盐过滤装置，都可达到一部分的目的；然而，纵使让硝酸盐含量达到理想值是件极重要的工作，却也不是唯一的要务。水中其他矿物质，以及动植物的养分之溶解量等，其增减消长的情形都是应该注意的。
如果我们愿意多花点心思，我们可以在水族养殖工作中得到更多的乐趣与成就。
