工厂化养鳄龟温室的孵化均在室内专用孵化室采用控温、控湿孵化柳化室设施。将孵化箱放入孵化木架上，每箱均需标明放卵数和放卵时间。
1.温度控制通常采用各种加温的方法（蒸汽、电加热、太阳能等）使室内气温保持33 ℃ 。通常需准备2 支温度计，其中一支插在砂盘中，另一支则挂在孵化室内，分别用来监测室温和黄砂温度。每天早、中、晚各检查一次，如孵化室气温达37-38 ℃ ，黄砂温度达35 ℃ ，则应采取通风、遮阳等降温措施。也可采取自动控温系统对孵化室温进行自动控制。
2.湿度控制室内应设置干、湿温度计，并经常在室内地坪上泼水，使空气的相对湿度保持在80%-85 ％。空气的相对湿度可采用干、湿温度计测定。干、湿温度计表盘上并列两个相等的温度表。左边的温度表和普通温度表相同，指示气温，称为干球；右边的温度表用一单层消毒纱布包着水银槽部分，并浸入盛水的水杯中，使其保持湿润，称为湿球。水杯的容水量很少，最好用蒸馏水，而不能用含有杂质的井水、硬水和自来水。湿球因水分被蒸发，常常显示比干球较低的温度。因此，只要查看干、湿温度计的温度之差和湿球的温度，便可从表10 中查到空气的相对湿度。
在晴朗、温度较高的天气，砂床的水分蒸发较快，因此要注意孵化箱内黄砂的湿度。如黄砂表面发白，但靠近卵的砂层尚保持湿润，黄砂温度未超过35 ℃ ，可不加水。如靠近卵的黄砂也开始干燥，可用喷壶喷洒少量凉开水。洒水时只要上层黄砂略带湿润即可，切不可在高温下大量洒水，以免降低砂层的通气性，造成胚胎因通气条件差而大量死亡。洒水后10 分钟，可用手将砂表层稍许松动，这样既可防止砂土板结，又能防止水分蒸发。
3.适时通风每天必须通风一次，以保持室内有足够的氧气。晴天温度高时，应在上午9:00-10:00 时打开窗户，进行通风换气。在室外温度较低时，可在下午气温最高时开窗换气。夜晚和雨天应及时关窗保温。
4.防止敌害孵化室的门、窗应严密，防止鼠、蛇、蚂蚁、蚊子、苍蝇等进入，如发现上述敌害生物，必须立即加以消灭，以免损坏和残害鳄龟卵。
5.了解孵化进程刚开始孵化以及孵化后期，应每隔2-3 天检查1 次，在孵化中期可每周检查1 次。
6.做好孵化记录为了提高鳄龟卵的孵化率，便于孵化管理，必须认真做好记录。记录内容包括每只孵化箱的进卵数量、进卵日期；每天最高、最低室温，最高、最低砂温；空气的相对湿度；稚鳄龟的孵出日期、孵出数量，并计算孵化率。通过记录的原始数据分析，进一步提高鳄龟卵孵化水平。通常如孵化管理得当，其孵化率可达90 ％以上。
