疫苗接种是肉鸽疫病防控较为直接的方法，通过疫苗接种有利于肉鸽自身产生对某些疫病的免疫能力。比较常见的疫苗有活菌疫苗、灭活疫苗、类毒素、亚单位疫苗、人工合成疫苗及抗独特型抗体疫苗等。养殖肉鸽常用疫苗有冻干疫苗、油乳剂灭活疫苗，像鸽痘冻干疫苗、鸡新城疫Ⅳ系冻干疫苗、鸽新城疫油乳剂灭活疫苗等。
疫苗接种是肉鸽养殖疫病防控措施的重要环节，养鸽场应该针对不同的传染疾病使用不同的疫苗，结合自身养鸽场的实际情况和当地的疫情制定科学合理的适合本鸽场的免疫程序，并有计划选择合适免疫接种的时间、疫苗类型及接种方式，及时接种疫苗，减少盲目性和浪费现象。
不同的疫苗其接种免疫的方法也有所不同，以活疫苗的免疫为例：
1.饮水免疫，此种免疫方法相对比较省工、省力，只需将疫苗混均在肉鸽饮水中，让肉鸽饮用，但需要特别注意的是使用疫苗前后24小时不得使用消毒剂，还要注意疫苗的浓度配比，免疫前应该注意饮水的质量，避免水中含有化学或消毒剂等对疫苗效果的影响。
2.点眼睛滴鼻，这里需要用滴管将稀释好的疫苗滴入鼻腔和眼内，从而促使肉鸽吸收，达到接种疫苗的作用，点眼睛滴鼻子时要控制滴的速度和频率，避免因速度过快导致疫苗吸入和甩出，影响疫苗免疫效果。
3.注射疫苗，包含皮下注射和肌肉注射，注射时应该注意疫苗瓶、注射器、针头等器具的消毒，注射的手法也要正确，若手法不当时极有可能导致鸽的死亡。
