消毒就是消除或杀灭环境中的病原微生物。水体消毒是水产养殖防病治病的重要手段，当需进行水体消毒时，有两个问题应引起注意：
一、在水产养殖水体使用的各种消毒措施，通常很难将病原微生物全部杀灭(要达到全杀的程度，其养殖的动物也难以生存)，只是大量减少它们的生物量，使其不能形成优势群体，不能形成能够致病的种群数量。如腐皮病的病原嗜水气单胞菌，在大多数养殖水体中都存在，但数据不多，不致于引起疾病发生，而在发生腐皮病的水体中，每毫升水中含菌量可高达几千亿个。
二、在池塘消毒过程中，任何有效措施，都是有代价的，它可能会破坏原有的生态系统，也可能会对养殖的动物产生不利影响。因此，在进行水体消毒时，应充分考虑消毒剂对环境和养殖动物的影响，采用适当的消毒剂和适当消毒的方法，从而达到净化，稳定水质，促进物质循环，造就鳖生长良好的生态环境，使鳖健康生长的目的。
消毒剂的使用
一、生石灰
生石灰(CaO)是水产养殖中经常使用的物质，具有许多优点，如杀灭病原体(寄生虫、细菌等)；改善底质的透气性；调节pH值，提高水体缓冲能力；为浮游生物提供Ca2＋等等。养殖户在使用生石灰时有几个问题需要注意：
1.生石灰作为消毒剂，只在清塘时才有作用。这个时候用量达ppm，使池水的pH值大于12，从而将水中各种生物基本杀死，但仍不能全杀。如轮虫卵、微生物孢子、芽孢，还有一些钻入深层或爬到岸边的螺等等。我们平时使用30ppm～50ppm剂量全池泼洒，严格讲不能算消毒，只能起到调节水质的作用。使用这个浓度，池水的pH变化不大，pH一般不会超8.5，而许多致病菌的最适pH值都高于8.5。如嗜水气单胞菌的最适pH在5.5～9.0，此时的生石灰不可能起到杀灭病原体的作用。因此，在甲鱼发病期间，特别是暴发传染病时，要慎用生石灰，一方面不能对生石灰作用的期望太高，以免延误治疗时间；另一方面要考虑到生石灰对使用其他药物的影响。通过调节水质，促进浮游植物和有益微生物的大量繁殖，进而抑制致病微生物的生长，为养殖动物创造一个良好的生态环境，是水产养殖成功的较佳途径。
2.生石灰在池水氨氮含量高的时候要慎用。水体中的氨氮有两种存在形式：离子态氨(NH4＋)的毒性很低；而非离子态氨(NH3)的毒性很高。它们在水中因pH＝6.5时，NH3占0.25%；当pH7.5时，NH3占2.5%；当pH＝8.5时，NH3占20%。目前，温棚养鳖的池水氨氮含量普遍超标数倍，甚至数十倍。有的池水氨氮含量高达100mg／l。当高氨氮的池水pH值在7以下时，可能并不引起中毒表现。一旦下较多生石灰就会导致非离子态氨含量迅速升高，引起甲鱼氨中毒。因此，在氨氮含量高的水体中应先更换部分水，再泼洒生石灰，或将生石灰分少量多次泼洒。
3.有些药物不宜和生石灰一起下，如含氯消毒剂。次氯酸盐15ppm，在pH＝6时，8.5分钟能减少99%的微生物，而pH＝8时，需要42分钟。由于甲鱼池水有机质等消耗有效氯的物质含量高，42分钟次氯酸盐已基本无杀菌作用。再如含碘消毒剂，在酸性条件下游离碘增多，杀菌作用强，而碱性条件下杀菌作用弱。另如敌百虫、孔雀绿等药物也不宜与生石灰一起使用。
二、含氯消毒剂
含氯消毒剂种类很多，常用类型有：无机氯，如漂白粉等；有机氯，如二氯海因、溴氯海因等；二氧化氯，如福建金谷科技开发有限公司生产的“即时杀”等。前两类含氯消毒剂杀菌机理基本相同，主要是通过在水中形成次氯酸来杀菌。第一类价格低廉，但不稳定，难储存，腐蚀性强，使用时不易掌握有效氯含量。多用于预防性水体消毒；第二类有效氯含量高，较稳定，在水中作用时间较长，但价格稍高，它们都是目前甲鱼池最常用的消毒剂。在使用这两类消毒剂时要根据不同水质、甲鱼体况、气候等条件科学用药。影响这两类含氯消毒剂的环境因素主要有：
1.pH值：pH值对氯在水中的抗菌作用影响最大、pH值愈高，氯的杀菌作用愈弱，相反，pH值降低其杀菌作用增强。因此，在碱性水体或pH值高的海水中不宜用这两类消毒剂。
2.温度：温度升高能增强杀菌作用。温度每下降10℃，作用时间要延长2倍～3倍。因此，在低水温情况下要适当提高用药浓度。
3.氨氮：水中氨氮和氨基化合物，可优先和氯结合形成氯胺，降低了游离氯的含量，从而降低了杀菌作用。因此，氨含量高的水体在使用时也应适当提高用药剂量。
4.有机物：有机物能消耗有效氯，并能降低含氯消毒剂的杀菌效果，甲鱼池中由于饵料残渣、动物粪便、浮游生物尸体等分解产生大量有机物，极大影响消毒剂的使用效果。要降低有机质含量，一是在清塘时尽量挖去表层污泥，二是要经常换水，使用农大净水先锋也能有效减少水层中有机质含量从而提高药效。此外，池水中，特别是地下水中硫、铁、锰的化合物也会影响含氯消毒剂的使用效果。
二氧化氯虽也属无机含氯消毒剂，但不同于上述两类。它对细菌、病毒、细菌芽胞等病原体的杀灭作用更强，而且不易受水中pH值、氨氮、有机质、温度等的影响，是一种较优秀的消毒剂。市面上品牌也很多，如农大生产的“即时杀”，就是这类药物。在使用二氧化氯时，一要充分活化，因为二氧化氯是气体，在水中溶解度低且不稳定。我们在市面上购买的通常是固态的的中间体，它要在活化剂的作用下才形成二氧化氯。如果活化不完全，不但消毒作用很弱，且还有一定的副作用。二是活化后药水应即时使用，以免二氧化氯逸入大气。此外，在运输、贮存、使用过程中要注意安全，防止中间体和活化剂混合，因激烈反应引起爆炸。
甲鱼养殖池水的流动性差，含氯消毒剂作用时间比较短，在甲鱼池实际使用中，通常泼洒后几分钟，再测定池水中有效氯含量，就已测不到了。因此，下药后消毒的往往是上层水，而底层水和底质的消毒效果不够理想。所以，在治疗疾病时也可以交替选用“福建金谷科技开发有限公司生产的“强毒净”“杀毒先锋”等一些长效消毒剂。
三、磺制剂
水产养殖中使用的含磺消毒剂都是有机络合碘，如农大生产的优碘素等。碘可直接卤化菌体蛋白质、产生沉淀，使致病微生物死亡。含碘消毒剂不仅对大部分细菌、病毒有杀灭作用，对真菌和原生动物也有杀灭作用。可以广泛用于各种疾病的预防、治疗及治疗后期的疗效巩固。与其它消毒剂相比，优碘素等含碘消毒剂有一些特殊优点，应用于生产可收到良好的消毒效果。
1.很强的渗透性能；这对于治疗甲鱼腐皮病、疖疮病、烂脚病、白鼻病等极为有利，因为它可直接渗透到内部产生消毒作用。用法为每天泼洒一次，每次1ppm～3ppm，连用3天。也可作为抗菌素药浴后的疗效巩固。即在使用抗菌素药浴24小时～48小时后，换部分水用优碘素2ppm，泼洒一次。
2.作用时间快；这在甲鱼放苗、分池时可用于短时间的鳖体消毒，如稚鳖用10ppm浸泡10秒钟～20秒钟。幼鳖、成鳖用20ppm～30ppm浸泡10秒钟均有较好的体表消毒效果。
3.刺激性小、安全性好；优碘素在使用浓度范围内，甚至大于使用浓度1倍～5倍对甲鱼等养殖对象均无刺激性。因此，在需要时可在专业技术人员指导下适当提高用药剂量，或增加用药次数。
四、季胺盐类
用于做消毒剂的季胺盐主要是一类阳离子表面活性剂。目前品种极多，达数十种，单一的季胺盐消毒剂的杀菌效果往往不理想。需要进行科学组方，并经大量的复配试验和效果试验才能筛选出杀菌效果好的复方消毒剂。因此，同样是季胺盐消毒剂，而实际消毒效果差异很大。农大生产的季胺盐类消毒剂有强毒净等产品，在甲鱼、鳗鱼养殖中已使用了8年，质量和效果均较稳定。近两年来又被广泛用于鲈鱼、大黄鱼、对虾、沼虾、牛蛙等动物的疾病防治。
季胺盐类消毒剂的杀菌机制；可改变菌体细胞膜的通透性，使菌体破裂；通过良好的表面活性作用，高度聚集于细菌、病菌表面，干扰其新陈代谢；使细菌、病毒的蛋白质变性，杀灭其代谢酶类。
季胺盐类消毒剂(强毒净)有一些不同于共它消毒剂的优缺点，在生产上要根据实际情况科学用药，方能取得良好效果。
1.化学性质稳定作用时间长，这对甲鱼池无增氧机、池水流动性差的情况特别适合。因为有些消毒剂，如含氯消毒剂，作用时间极短，水位高的时候，底层水和底质基本无法消毒，而这些区域又是最需要消毒的地方。季胺盐类消毒剂由于作用时间长，即使在相对静止的水体中，亦可通过扩散作用使部分药物到达底层。
2.高pH值条件下效果好：季胺盐类消毒剂，在pH＝3时效果很差。在pH值8～10时，效果最好。这特别适合于海水水体消毒，也适合在用了生石灰调节水质后的水体消毒。(很多消毒剂如含氯消毒剂、含碘消毒剂等都不宜和生石灰同用。)
3.易被各种物体表面所吸附：季胺盐类消毒剂在某些物质表面，其浓度可数倍于水体。因此，对甲鱼池的饵料台、池壁、晒台、池底、池角等容易藏污垢的地方有很好的吸附消毒作用。甲鱼体表也有很好的吸附作用，特别是病变部位容易吸附。但有水葫芦、浮萍的水中，这些水生植物会影响其消毒效果。
4.与肥皂粉等有拮抗作用：季胺盐类消毒剂与肥皂粉等虽都属表面活性剂，但前者是阳离子型，后者是阴离子型，二者易结合，使消毒剂杀菌能力丧失。有些养户看到季胺盐消毒剂，使用时有泡沫，并有一定的洁净作用，以为是肥皂水，实际上，它们是两类化学性质截然不同的表面活性剂。另外，市面上也有发现用肥皂粉泡制的假消毒剂，望广大养户提高识别能力。
甲鱼养殖在使用强毒净等季胺盐消毒剂时，要根据病情，水质、气候等科学用药，如甲鱼放养或分池时，在新池中使用0.3ppm～0.5ppm，同时，在甲鱼入池前用10ppm～20ppm浸泡药浴1秒～2秒；疾病预防时，全池泼洒0.5ppm～0.8ppm，每10天一次。疾病治疗时，全池泼洒0.8ppm～1.5ppm，隔天一次，连用2次～3次。
五、醛类消毒剂
水产养殖上常用的醛类消毒剂是福尔马林，即40%的甲醛溶夜，具杀菌作用机理：一是阻止细菌核蛋白的合成。
