鸭产畸形蛋有多种原因，主要是：
维生素含量不够对蛋壳影响较大的维生素是维生素D、维生素B6、维生素B2、维生素K、叶酸、烟酸，其中维生素B在粗蛋白质含量较多的日粮中需要量较大，缺乏则会影响血红蛋白、免疫球蛋白的合成。烟酸在玉米—豆粕型日粮中容易缺乏而造成蛋壳变形；维生素K3是血细胞形成的重要维生素，蛋壳发白与此有较大的关系；维生素K、维生素A缺乏也会导致鸭产血斑蛋。
应激鸭舍狭小、污秽、潮湿，鸭群密度过大，环境温湿度过高或过低，异物等均会引起输卵管分泌和收缩机能亢进形成畸形蛋。如无黄蛋形成的原因是由于异物（寄生虫、脱落的黏膜上皮、血块等）落入输卵管后，使输卵管的蛋白分泌受到刺激而照常分泌出蛋白壳膜和蛋壳包围着异物而形成。
一些疾病如传染性支气管炎、产蛋下降综合征、流感、新城疫等，可导致鸭产畸形蛋。卵巢在排卵时血管破裂或输卵管发炎出血，使血块附在蛋黄上一起进入输卵管形成血斑蛋。
钙、锰、锌、铜、铁是影响蛋壳质量的主要微量元素，钙、磷等矿物质比例失调，饲料中钙含量过少会造成薄壳蛋；钙含量过多容易形成沙壳蛋；缺锰或在高钙、高磷的情况下会形成磷酸钙，严重抑制锰的吸收，从而使蛋壳变薄发白；缺锌、缺铜、缺铁同样会使蛋壳发白。
