生态养猪对猪舍结构的要求与传统猪舍基本一致，特殊之处在于增加了猪舍前后空气对流窗，合理设置垫料池。应按猪群的性别、年龄、生产用途，分别建造专用猪舍，如育肥猪舍、保育猪舍、妊娠母猪舍、产房等。基本结构为：在猪舍内设置1米左右的走道、一定宽度（1.5—2.0米宽）的水泥饲喂台，与饲喂台相连的是发酵床，墙体南北均设较大的通风窗，方便猪舍度夏。房顶设置天窗，方便冬天水蒸气的排出。推荐使用饲喂及饮水一体的自动喂养槽。设置水泥饲喂台的目的，一是防止垫料污染饲料，影响采食量；二是夏天高温季节为猪只提供选择趴卧休息凉爽区，以减少发酵床过热对生猪的影响；三是有利于生猪肢体发育，这一点对种猪饲养尤其重要。
1、育肥猪舍：单列式育肥猪舍比较合适，阳光充足，猪只活动区域大。一般为减少猪舍成本，除发酵床外，育肥猪舍也可采用塑料大棚式的结构。也可对现有猪舍进行改造，只要符合夏天通风降温、冬天保温除湿条件。
2、母猪舍：母猪舍又分为妊娠舍和分娩猪舍（即产房）。妊娠猪舍可采用群养模式，分娩猪舍常采用分娩栏或产床进行饲养。其猪舍建筑，特别是分娩猪舍由于对温度控制要求高，应注意控制温度。
（1）妊娠猪舍：生态养猪的妊娠猪舍常因发酵垫料的维护管理方便，宜采用大群饲养。可用双列式或单列式结构，其建筑跨度不太大，以自然通风为主。当前比较新兴的是使用母猪自动饲喂系统与生态养猪相互结合
（2）产房：即分娩猪舍。通过生态养猪法，扩大母仔活动范围，一般有三种模式：一是母猪、仔猪均在产床上，粪尿流入发酵垫料池。垫料池仅起到分解粪尿的作用。二是产床限制母猪，仔猪可以在产床或垫料池活动。增加了仔猪活动范围，恢复其自然习性。仔猪由于可选择休息、活动区域。三是无限位栏，有饲喂台，母仔均可自由活动。
3、保育猪舍：与育肥猪舍的结构类似，垫料厚度可以适当减小。猪只活动面积加大，可以嬉戏，恢复其生物习性。
