农业防治是在有利于农业生产的前提下，通过选用抗性品种，加强栽培管理以及改造自然环境等手段来抑制或减轻病虫害的发生。农业防治采用的各种措施，主要是通过恶化生物的营养条件和生态环境，以达到抑制其繁殖率或使其生存率下降的目的。
一、直接杀灭病虫。如利用棉铃虫的产卵习性，结合棉花整枝打杈，适时打顶和摘去边心，可消灭相当一部分棉铃虫的卵和初孵幼虫。在土壤中越冬的蛹或害虫，可采取冬坑和中耕的办法压低虫源基数。
二、切断食物链。农作物长期连作，土壤中的病原物逐年累积，以棉花枯萎病为例，棉花连作1～4年的发病率依次为1%～1.5%，4%～31.5%，36%～42%，58%～71%，病地轮作由于病原物遇不到适宜的寄主，病害就逐年减轻。棉花病地轮作1～3年，棉花黄萎病的发病率分别下降到15.8%、10.8%和1.7%。
轮作要全面考虑，既要减轻病虫害，又要符合生产要求。首先要考虑用哪些作物轮作，不能用病原物或害虫的寄主作物来轮作，例如棉花黄萎病病区不能与茄科作物轮作，可与禾本科作物轮作。其次要考虑轮作的年限，要根据病原物在土壤中存活时间的长短而定。
三、选育和利用抗性品种防治植物病虫害是最经济有效的措施。农作物为适应病虫为害而产生的防御性抗害特性，其机制是多方面的，除了形态结构、物候等因素外，主要是由品种自身的生理生化特性决定的。培育和推广抗性、耐性品种来减轻病虫的危害。随着科学技术的发展，利用转基因和基因重组等生物技术培育抗性品系如棉花、玉米、烟草、马铃薯等作物新的抗性品系已相继问世，有的已进入商品化生产的阶段。
在利用抗性品种时，注意不要造成品种的单一化，注意品种抗性的稳定性和持久性。
四、充分利用农作物的避害作用，减轻病虫危害。
如三化螟的蚁螟在水稻分蘖期以及孕穗始穗期的侵入率和存活率最高，而圆秆拔节期和齐穗后则是相对的安全期。在防治实践上，可以通过调节移栽期，使蚁螟孵化的盛期与危险的生育期错开，从而使农作物可达到避过螟害、减轻受害的目的。
五、诱集作用，利用害虫对寄主的嗜好程度或对不同生育及长势的选择性，在作物的行间种植诱集作物或设置诱杀田，把害虫吸引到小范围内加以集中消灭。例如在棉田内种植少量的春玉米，可以起到诱集棉铃虫和玉米螟的作用。
六、恶化病虫害的生活环境，创造天敌繁衍的生态条件。通过开沟滤水降低地下水位，中耕松土等措施，可控制小麦赤霉病和马铃薯晚疫病等病害的发生。
作物的合理布局，按比例或条带种植、棉麦套种、棉田行间种植油菜、果树行间种植绿肥等，造成作物和害虫的多样性，可以起到以害虫繁殖益虫，以益虫控制害虫的作用。这些都是保护和利用天敌行之有效的措施。
