三疣梭子蟹孵出的幼体出现畸形，主要有头胸甲的刺或缺或短小，或颚足外肢的游泳毛发育不全，在静水条件下，畸形个体很难上浮，应进行淘汰。白天孵化时畸形率很高。夜间正常孵化的个体中也有发现。畸形的出现，可以认为有以下原因：
①亲蟹捕捞、运输及以后管理中有问题，比如亲蟹培育和暂养期间水温变化较大可导致畸形。
②卵子长时间暴露在空气中或池底泥沙污染，也可引起异常孵化或出现畸形幼体。
③水中重金属离子超标也可引发畸形，此原因引起的畸形可在水体中保持2～5克/立方米水体EDTA防治。
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