一、腐烂病
腐烂病是一种感染性的病害，病原属于一种细菌。此病菌感染水草后，叶片上起初出现水渍状褐斑，后渐发黄，乃至全株叶片呈纤维状溶于水中，若与健康叶相接触，很快就会传染。导致此病发生的原因，主要是水草在运输途中，因温度过高，促使细菌滋生而感染。购买者买回水草时，将感染疾病的植株混杂在健康植株中。如果不及时清除，就植于水箱中，病菌很快会传染开来。
防治此病的方法，一是要及时剪除感染疾病的叶或茎。若是丛生型水草，去掉病叶后，隔开放在另一容器里，并观察其发病的进展，一旦发现有新的症状，立即用0.2～0.5μg/g的硫酸铜浸泡，来杀死病原细菌；二是将水箱的水温降至20℃以下，控制病原细菌的繁殖。
二、水羊齿病
水羊齿病主要发生在铁皇冠、黑木蕨等水生羊齿类水草的叶上，病原也是一种感染性的细菌。被感染的叶类或边缘部分，呈现半透明状的浅褐色斑块，与健康植株接触后，易于感染。发生此病的原因与水温偏高有关。故防治此病就时应及时剪除病叶，然后降低温度至20℃以下为宜；并精心养护，以增强植株本身的抗病能力。
三、椒草病
椒草和其它水草相比，因植物体抗病力较差，而容易感病。病原是一种细菌。感染疾病植株的叶片边缘或尖端，呈现出半透明状的淡褐色斑块，以后慢慢地溶于水中。发病原因与腐烂病相似。病情严重时，使整株的叶片溶化掉，有时感染周围的植株。
防治此病的方法主要有降低水温，并频繁地换水，去掉病叶或病株，减少病原。因水箱内有鱼类等生物，水草发病不宜采用药物治疗。
