不管甲鱼市场如何变迁，苗种、饲料、能源等因素如何紧张而导致生产成本提高，对于养殖户来说，唯一可以自我控制的只有养殖技术水平与成活率。随着养鳖业的逐年发展，养殖技术也在不断成熟与更新，有不少地区的养殖水平日趋提高，成活率普遍可达90％以上，但仍有许多养殖户忽视苗种选择而导致甲鱼发病死亡，甚至在养殖后期影响到商品鳖的成活率。如何使养殖甲鱼长得快而好，苗种选择至关重要。
目前，由于种质衰退严重，而且衰退速度较快，许多很好的品系己逐步失去原有的优势，抗病力与存活率等都大不如前。当前市场上现有的品系主要有台湾鳖、泰国鳖、中华鳖(湖南产、海南产、江西产、浙江松阳产以及太湖鳖品系)、黄河鳖、日本鳖、美国珍珠鳖、美国角鳖和一些当地杂交鳖品系(日本鳖与中华鳖杂交、黄河鳖与中华鳖杂交、黄河鳖与日本鳖杂交等)。此外，还有少许的国家二级保护动物山瑞鳖。
现在以台湾鳖与泰国鳖占市场份额最大，而从苗种成本上也相对较低。此两品系甲鱼在温室饲养具有一定的生长优势，若管理得当，基本在养殖八、九个月时均重即可达0.7－0.9斤。该两品系甲鱼相比，台湾鳖相对抗病能力较弱，易感染病原发生死亡，但外观相对较好、个大，孵化率高；而泰国鳖则抗病力较强，存活率高，但孵化率较低，同等体重下外观略显小。外塘养殖则以中华鳖、日本鳖和黄河鳖有生长优势，此三类品系在温室中饲养均不及台湾鳖和泰国鳖长势快，但在外塘中则生长迅速，抗病能力和越冬性能均远胜于前两品系。在生长速度和产量上，日本鳖与黄河鳖略优于中华鳖。外观上，日本鳖较圆，中华鳖为椭圆，黄河鳖则浑身浅黄、较为美观。而一些杂交鳖品系是否具备亲本优势仍待进一步考证。
迄今为止，除了引进较为热门的美国小鳄龟、大鳄龟等龟类外，珍珠鳖、角鳖等鳖类的引进亦逐步升温。美国珍珠鳖也称佛罗里达鳖，浑身通黑，背板上有白色点状花纹，体态较圆，年生长速度较快，可达3－5斤。角鳖则体色呈黄色，裙边一周为金黄色，生长速度也较为可观，每年可长2.5－4斤。此两种鳖商品价现今基本持续在50－60元／斤，苗种则在60－80元／只，具体视不同市场行情而定。
山瑞鳖是我国鳖类的另一物种，体态外观不及中华鳖美观，但生长速度、抗病力等均优于中华鳖。由于该物种属于国家二级保护动物，目前尚未形成一定的市场规模和趋势。当前苗种每只约为150－190元。
鉴于当前苗种各品系、种类的生物学特性和生长特点有所差异，价格也迥然不同，苗种差价从每只三、四元至—百五、六十元不等，商品价亦由每斤十几元至六、七十元不尽相同，各养殖户应根据自身实际情况和承受能力选择相应的苗种进行养殖。
