任何偏离标准的现象都将被视为德国牧羊犬的缺憾，缺憾的严重程度可以被准确地确认等级。
严重缺憾: 偏离牧羊犬繁殖标准，并且影响到牧羊犬的实用性和观赏性，都被视为牧羊犬的严重缺憾。另外，牧羊犬缺少色素沉着、超重、松懈和懒散、定向能力丧失或有缺欠，爪子发育差也将视为有严重缺憾。
耳朵的缺憾: 双耳长在头盖骨两侧过低的位置上。耳朵柔软，耳尖翻卷。
排除缺憾:
1，脆弱的个性和过分的神经质，以及神经性嘶咬。
2，被证明有严重的髋关节病症。
3，单声的嗥叫、哭嚎，睾丸畸形。
4，尾巴和耳朵畸形。
5，犬有残损。
6，犬牙不全。
7，犬爪有残缺。
8，超过或低于德国牧羊犬正常身高标准1厘米。
9，白化病。
10，如果犬的头部毛发是白色的。(当然假如犬的鼻部和眼部的毛发仍是黑色的，则被认可。)
11，长毛犬。(头部的毛发软、长、疏松，特别是耳朵内侧和外侧的毛发过长;前后腿的后部毛发过长;尾巴下部的毛发过长。
12，完全没有表皮绒毛的长毛犬，且犬的毛发从背部中间向身体的两侧下垂。
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