纤毛虫病是河蟹养殖中的主要疾病，危害河蟹的纤毛虫种类很多，常见的有聚缩虫、单缩虫、苔藓虫、薮枝螅、累枝虫和钟形虫，还有附在河蟹鳃部的虾间隙虫和腹管虫等。纤毛虫对河蟹的危害很大，因为它们附着于河蟹的多个部位，即可附着于甲壳表面及附肢上，又可附着于鳃部，还可危害抱卵亲蟹。⒈症状聚缩虫形如树枝状，其根部寄生于河蟹蚤状幼体的头胸部、腹部等处。被感染者体质下降，蜕皮困难，严重者出现死亡。聚缩虫也感染黄蟹到绿蟹阶段的河蟹，少量寄生时，对河蟹生长无明显影响，但严重寄生时，河蟹的额部、步足、背甲及鳃部都布满虫体。病蟹白天常在岸边浅水区爬行，也有上岸的。病蟹甲壳上污物较多，行动迟缓，摄食能力差，继而陆续死亡。虾间隙虫、累枝虫和钟形虫附着河蟹的部位及症状表现与聚缩虫相似。腹管虫和虾间隙虫又是河蟹鳃部的特有寄生虫，严重寄生时几乎布满蟹的整个鳃片，严重影响河蟹的呼吸，容易造成河蟹窒息死亡。薮枝螅形似植物，常与藓虫和藻类丛生在一起，着生在河蟹的背甲。⒉防治方法（1）在投放蟹种前，用生石灰或漂白粉彻底清塘，每亩用量：生石灰125-150公斤（水深100厘米），漂白粉13.5公斤（水深100厘米）。使用生石灰时，让生石灰吸水化开成浆液，不待其冷却即向全田泼洒。使用漂白粉时，将漂白粉加水溶解，立即泼洒，搅动池水，使其分布均匀。（2）在蟹苗、蟹种放养前，用8×10-6的硫酸铜或2%食盐溶液浸洗20分钟，以杀灭河蟹身上的虫体和病菌。（3）若发现河蟹身上已附着纤毛虫，可用0.7×10-6的硫酸铜与硫酸亚铁合剂（硫酸铜与硫酸亚铁药剂的比例为5：2），全田遍洒；或将少量病蟹放在1%的福尔马林溶液中浸泡20分钟进行治疗。
