消毒的目的是消灭被传染源散播于外界环境中的病原体，以切断传播途径，阻止疫病继续蔓延。消毒的方法主要有：（1）机械性消除主要是通过清扫、洗刷、通风、过滤等机械方法消除病原体。本法是一种普通而又常用的方法，但不能达到彻底消毒的目的，作为一种辅助方法，须与其他消毒方法配合进行。（2）物理消毒法采用阳光、紫外线、干燥、高温等方法，杀灭细菌和病毒。（3）化学消毒法是用化学药物杀灭病原体的方法，在防疫工作中最为常用。选用消毒药应考虑杀菌谱广、有效浓度低、作用快、效果好；对人、畜无害，性质稳定，易溶于水，不易受有机物和其他理化因素影响；使用方便，价廉，易于推广；无味、无臭、不损坏被消毒物品；使用后残留量少或副作用小等。根据消毒药的化学成分可分为：①酚类消毒药，有石炭酸、来苏儿、克辽林、菌毒敌、农福等；②醛类消毒药，有甲醛溶液，戊二醛等；③碱类消毒药，有氢氧化钠、生石灰（氧化钙）、草木灰水等；④含氯消毒药，有漂白粉、次氯酸钙、三合二、二氯异氰尿酸钠、氯胺（氯亚明）等；⑤过氧化物消毒药，有过氧化氢、过氧乙酸、高锰酸钾、臭氧等；⑥季铵盐类消毒药，有新洁尔灭、洗必泰、杜米芬、消毒净等。（4）生物消毒法在兽医防疫实践中，常用该法将被污染的粪便堆积发酵，利用嗜热细菌繁殖时产生高达70℃以上的热，经过1~2个月可将病毒、细菌（芽孢除外）、寄生虫卵等病原体杀死，既达到消毒的目的，又保持了肥效。但本法不适用于炭疽、气肿疽等芽孢病原体引起的疫病，这类疫病的粪便应焚烧或深埋。（5）消毒的实施①定期性消毒：一年内进行2~4次，至少于春、秋两季各进行1次。肉牛舍内的一切用具每月应消毒1次。对牛舍地面及粪尿沟可选用下列药物进行消毒：5%~10%热碱水、3%苛性钠、3%~5%来苏儿或臭药水溶液等喷雾消毒，以20%生石灰乳粉刷墙壁。饲养管理用具、牛栏、牛床等以5%~10%热碱水，或3%苛性钠溶液，或3%~5%来苏儿，或臭药水溶液进行洗刷消毒，消毒后2~6小时，于放入牛只前对饲槽及牛床以清水冲洗。清扫运动场，除去杂草后，用5%~10%热碱水或撒布生石灰进行消毒。②临时性消毒：牛群中检出并剔出结核病、布病或其他疫病牛后，有关牛舍、用具及运动场须进行临时性消毒。布病牛发生流产时，必须对流产物及污染的地点和用具进行彻底消毒，病牛的粪尿应堆积在距离牛舍较远的地方，进行生物热发酵后，方可充任肥料。产房每月进行一次大消毒，分娩室在临产牛生产前及分娩后各进行1次消毒。凡属患有布病、结核病等疫病死亡或淘汰的牛，必须在兽医防疫人员指导下，在指定的地点剖解或屠宰，尸体应按国家的有关规定处理。处理完毕后，对在场的工作人员、场地及用具彻底消毒。怀疑为炭疽病等死亡的牛只，则严禁解剖，按国家有关规定处理。
