猪传染性胃肠炎、猪流行性腹泻、猪轮状病毒是引起猪腹泻的主要病毒性因素。我们应该将病毒性腹泻和其他原因引起的腹泻相区别，以确定病因，及早采取措施，根治疾病。猪传染性胃肠炎、猪流行性腹泻的主要病变在胃和小肠，其它脏器均无肉眼可见病变。组织学检查可见小肠绒毛萎缩变短、脱落，猪传染性胃肠炎患猪绒毛高度与隐窝深度之比从正常的7:1缩小到1:1，而流行性腹泻患猪缩小到3:1。猪轮状病毒感染病变主要在小肠。胃弛缓，内充满凝乳块和乳汁。肠壁菲薄、半透明，内容物为水样液体，呈灰黄色或灰黑色。组织学检查，小肠粘膜充血、出血，可见绒毛萎缩、变形、脱落，上皮细胞脱落及上皮细胞质内空泡化。与一般条件因素引起的腹泻的鉴别诊断猪病毒性腹泻为群发，而一般条件因素引起的腹泻多呈散发，伴有条件的改变，如温度的突然改变、换料、断奶等。病毒性腹泻发病季节性强，冬春季节多发，伴有呕吐、水样腹泻；而一般因素引起的腹泻往往与季节关联不是很紧密，呕吐的现象相对较少，多呈稀便(也有水样便的发生)。单纯的病毒性腹泻抗生素治疗没有效果。与饲料因素引起的腹泻的鉴别诊断病毒性腹泻与饲料原因引起的腹泻都有群发的特点。饲料因素引起的腹泻与病毒性腹泻的不同点是其没有传染性，常常与突然更换饲料、饲料发霉等现象有关，腹泻发生的时间比较整齐，相隔时间较短，体质好的可能反应比较严重。更换掉发霉饲料后，腹泻停止。一般在胃肠道都可出现损伤，而不是局限于小肠部分。而病毒性腹泻常常先在部分圈舍中出现，然后蔓延到全群，时间相对较长，一般要7d以上，肠道的变化主要集中在小肠段，引起小肠壁变薄，粪便一般呈水样。与伴有腹泻症状，但是以其他临床表现为主的疾病的鉴别诊断很多传染性疾病的发生都伴有腹泻症状，但是这些疾病发生后不是以腹泻症状为主，都伴随着其他症状，必须结合其他症状来区分这些疾病与病毒性腹泻疾病。如猪瘟，腹泻与便秘交替出现，同时伴随高热和全身出血。伪狂犬病发生后也会出现呕吐和腹泻症状，但仔猪都伴随有神经症状，母猪可出现流产、产死胎和木乃伊胎等。
