自然交配是让公母鸭在有水的环境中进行自行交配的配种方法。配种季节一般为每年的2月～6月，即从初春开始，到夏至结束。
自然交配配种方式
鸭的自然交配有大群配种和小群配种两种方式：
大群配种将公母鸭按一定比例合群饲养，群的大小视种鸭群规模和配种环境的面积而定，一般利用池塘、河湖等水面让鸭嬉戏交配。这种方法能使每只公鸭都有机会与母鸭自由组合交配，受精率较高，尤其是放牧的鸭群受精率更高，适用于繁殖生产群。但需注意，种公鸭的年龄和体质要相似，体质较差和年龄较大的种公鸭，没有竞配能力，不宜作大群配种用。大群配种时，常可见部分公鸭较长时期不分散于母鸭群中配种，需经十多天才合群。因此，在大群配种时将公鸭及早放入母鸭群中是很必要的。
小群配种将每只公鸭及其所负责配种的母鸭单间饲养，使每只公鸭与规定的母鸭配种，每个饲养间设水栏，让鸭活动交配。公鸭和母鸭均编上脚号，每只母鸭晚上在固定的产蛋窝产蛋，种蛋记上公鸭和母鸭脚号。这种方法能确知雏鸭的父母，适用于鸭的育种，是种鸭场常用的方法。
配种年龄
鸭初配年龄过早，不仅对其本身的生长发育有不良影响，而且受精率较低。一般蛋用型公鸭性成熟较早，初配年龄以5月龄为宜;肉用型公鸭性成熟较晚，初配年龄以6月龄为宜。配种性比
鸭的配种性比随品种类型不同而差异较大，公与母的比例一般是蛋用型鸭为1∶20～1∶25，兼用型鸭为1∶15～1∶20，肉用型鸭为1∶5～1∶8。
配种比例除了因品种类型而异之外，尚受以下因素的影响。
季节早春气候寒冷，性活动受影响，公鸭应提高2%左右(按母鸭数计)。
饲养管理条件在良好的饲养条件下，特别是放牧鸭群能获得丰富的动物饲料时，公鸭的数量可适当减少。
公母鸭合群时间的长短在繁殖季节到来之前，适当提早合群对提高受精率是有利的。合群初期公鸭的比例可稍高些，如蛋用型鸭公母比可用1∶14～1∶16，20天后可改为1:25。大群配种时，常可见部分公鸭较长时期不分散于母鸭群中配种，需经十多天才合群。因此，在大群配种时将公鸭及早放入母鸭群中是很必要的。
种鸭的年龄一岁的种鸭性欲旺盛，公鸭数量可适当减少。
实践表明，公鸭过多常常造成鸭群受精率低。据测定，蛋用型麻鸭以1∶10配种，其受精率仅为64.9%，而以1∶25配种，其受精率则为92.5%。这是因为公鸭过多易发生争配，干扰了正常的配种所致。
