鳃是三疣梭子蟹重要的呼吸器官，当鳃部发生病变或堵塞时，病蟹会通过自身凋节提高呼吸运动节律，以弥补鳃病引起的气体交换的不足，当鳃的气体交换量降低到不能维持最低生命活动需要时，三疣梭子蟹就会发生窒息死亡。近几年来，海洋环境污染和养殖生产自身带来的污染使鳃病成为现代水产养殖业的通病，也成了三疣梭子蟹人工养殖的常见病和多发病，其发病率和危害性有逐年上升的趋势，已经引起广大养殖业者的重视。
一、由环境不良引起的鳃病及其防治
养殖水域受到铜、镉、高锰酸钾、臭氧、原油、氨、亚硝酸盐等化学物质污染时，可引起鳃组织坏死、变黑。饲料中长期缺乏维生素C或蟹体长期处于低pH值的水环境时也能使鳃部发生病变。此类鳃病镜检时一般无寄生虫或寄生虫很少。防治方法有：
1.通过及时换水、增氧等措施，降低养殖水体中污染物质的含量。
2.对于重金属离子污染的水体，可投放一定量的EDTA-钠盐等螯合剂（适宜于工厂化养殖和育苗）。
3.投放沸石粉等底质改良剂，降低氨念氮、亚硝酸念氮等有害物质。
4.高温期间，可以投喂添加1%～3%维生素C的优质饲料。
二、由丝状细菌引起的鳃病及其防治
引起鳃病的丝状细菌主要为毛霉亮发菌。毛霉亮发菌菌体头发状，不分枝，基部略粗，尖端稍细，直径0.5μm～1.0μm左右，长度不等，生长菌丝透明无色，成熟菌丝体内呈颗粒状，尖端部分生出许多横隔，形成分生孢子，分生孢子找到新的宿主后生长繁殖。丝状细菌为腐生性生物，当水体中有大量动植物尸体和有机质含量高时丝状细菌就大量繁殖。丝状细菌在三疣梭子蟹鳃部一端固着，一端游离，以鳃尖处固着为多，肉眼观察病蟹鳃尖呈灰黑色或整个鳃叶呈灰黑色。丝状细菌往往与纤毛虫等共同附着在三疣梭子蟹的鳃部，影响鳃的呼吸功能。丝状细菌也可能会分泌毒素对机体产生毒害作用。防治方法有：
1.外用三氯异氰尿酸0.1ppm～0.3ppm，或二氧化氯0.5ppm～1.0ppm，或二溴海因0.1ppm～0.3ppm。预防时每隔10天～15天1次，低量；病情严重时每隔7天～10天1次，高量。
2.内服恩诺沙星1g/kg饲料～3g/kg饲料，或氟苯尼考1g/kg饲料～2g/kg饲料。药饵投喂5天～7天为一个疗程。
三、由原生动物引起的鳃病及其防治
引起三疣梭子蟹鳃病的原生动物主要有固着类的纤毛虫，如钟虫、单缩虫、聚缩虫、累枝虫，以及吸管虫类。这些原生动物的生活史中具有2个形态，即幼体阶段的游泳态和成体阶段的固着态。疾病主要通过游泳态的幼虫相互传播，成体阶段主要固着在水生动植物体上和鳃部，当大量附着在三疣梭子蟹鳃部时，易引起机体窒息死亡。纤毛虫是以水体中的细菌和有机碎屑为食，吸虫主要以包括纤毛虫在内的其它原生动物为食。当这些生物大量繁殖时，说明养殖水体已经受到污染和水体富营养化程度较高，水体中溶解氧较低，鳃病容易普通发生。养殖三疣梭子蟹的中后期，在放养密度高、投喂鲜活小杂鱼虾等饵料多、池塘老化淤泥多的养殖池中容易流行由原生动物引起的鳃病。防治方法有：
1.预防时，三疣梭子蟹放养前要做好池塘的清塘消毒工作，彻底消灭上一个养殖期留下的原生动物孢子及其它病原体。在三疣梭子蟹养殖的中后期，要投放沸石粉等底质改良剂，防止底质恶化。适量混养一些滤食性贝壳或鱼类，防止养殖水体富营养化。通过及时换水和配备增氧设施等，保持水体充足的溶解氧条件。控制放养密度和投喂量，防止剩饵残饵和严禁投喂变质腐败饲料。
2.治疗时，隔天全池泼洒二溴海因0.2ppm或三黄粉1ppm，病情严重时1周左右大量换水后再重复1次。也可以施入茶籽饼10ppm～15ppm或茶皂素1ppm，同时增氧，以刺激蟹体蜕壳后进行换水。如内服三黄粉、聚维酮碘、大蒜素等药物，则7天为一个疗程。
四、由丝状藻类引起的鳃病及其防治
引起三疣梭子蟹鳃病的丝状藻类主要有绿藻门之丝藻目和褐藻门之刚毛藻目的一些丝状藻类。丝状藻类主要通过附着在三疣梭子蟹的进出水口处使水流与鳃的交换减少，从而造成机体缺氧窒息。防治方法有：
1.降低水体透明度，以抑制丝状藻类繁殖。
2.投放清苔净等药物杀灭丝状藻类。
五、由其它生物引起的鳃病及其防治
链壶菌、海壶菌等真菌生物、腔肠动物中的薮枝螅、甲肢动物蔓是亚目茗荷属的种类等侵入或附着在三疣梭子蟹的鳃部，引起鳃组织损伤和病变，导致机体难以正常蜕壳而死亡。对于该类鳃病，目前尚无有效的治疗方法。
