鲤鱼疾病的治疗法有口服、药水浴、局部治疗、注射以及手术等。
1.口服法
将药剂混合在饲料中喂予的治疗法，是治疗营养失调或细菌性疾病及内部疾病的。所使用的药品为营养剂，Sulfa剂、抗生物质、Furan剂等。典型的方法是将药剂溶于水，然后使它渗透于粒状饲料中或混合掐揉饲料中喂给病鲤。
2.药水浴
药水浴主要是驱除体表寄生虫以及治疗细菌性的外部疾病，但有时也利用鳃或外皮的吸收作用以治疗细菌性内部疾病。
施行法可分为需时5~10的短时间药水浴以及数日的长时间药水浴。更可分为将药剂溶解于养鱼池中以及将药剂溶在水槽中然后将病鲤放进水槽中作药水浴的方法。
短时间药水浴是用红药水，甲基蓝、Malachite green、Deptelex、水产用Terramycin等，长时间药水浴则用食盐水、过猛酸钾、福马林、Sulfa剂、Furan剂。
药剂必须正确计量。水深30cm，面积一坪的水量约一吨重，以此为单位以计算药量较方便。药剂过量时会引起鲤鱼腰萎，甚至导致死亡。
3.局部治疗
这是治疗外伤以及身体表面的疾病时，以高浓度的药剂擦于局部，以其治疗效果的方法。普遍使用的药剂为红药水、碘酒、Isojin、副肾皮质贺尔蒙软膏等。
溃疡症则敷药前必须将患处清除干净才行。
4.注射疗法
对于细菌性疾病可施以Sulfa剂或抗生素的肌肉注射以及腹腔内注射。
肌肉内注射是施于胸鳍下面隆起部分或在总排泄腔以后的体侧肌肉内。溃疡症则将患部清除干净之后流入患部。静脉流向则是施于尾静脉中。
5.手术治疗法
对于鱼鳍的外伤或变形施以整形手术，也有利除斑纹或移植皮肤的美容手术，近则有人尝试治疗肠满的开腹切除手术。开腹手术后须暂时放在强化钙质Ringer's液中疗养。施行这种手术时须先予以麻醉，麻醉剂有MS222（三共制药）、DP1166（制药）、FA100（田边制药）等。
