近年来，随着保护地生产面积不断增加，设施农业高密度栽培及在同一块土地上连年种植一种作物，均有利于土传病害病原菌、根结线虫及地下害虫的积累、生长和繁殖。据研究发现：各种蔬菜90％以上的真菌病害的病源菌及细菌都是土壤传播的。如果对这些病虫害防治措施不对路，将严重影响蔬菜的产量和质量。根据近几年的实践经验其主要防治措施如下：
一、土传病菌的预防
除彻底清理大棚物理防治法外，主要是采用高效低毒低残留药剂进行防治。方法有：
药剂消毒：1、喷淋或浇灌法：将药剂用清水稀释成一定浓度，用喷雾器喷淋于土壤表层，或直接灌到土壤中，使药液渗入土壤深层，杀死土中病菌。常用的药剂有苗菌净、苗菌敌、恶霉灵、地菌杀星、猝倒立克等。2、毒土法：用适量的土壤杀菌剂，按药剂要求与细土配成毒土，施用于定植沟内。
高温消毒：把大棚清理干净后，施入基肥及部分化肥，然后把地翻平整好，用透明的吸热薄膜覆盖好，土壤温度可升50～60℃左右，密闭10～15天。也可以在种植前封闭全大棚，使棚内的最高气温达到70℃以上，土壤温度可达60℃以上，连续密封大棚10～15天以上，可杀死大量病原菌和害虫。
空气消毒：高温闷棚也是空气消毒的一种方法。如果与药物消毒相结合，效果更好。方法是在高温消毒后，可用45％百菌清烟剂，每亩棚用药200～250克，把药分成4～5份，均匀分布在棚室内。用暗火点燃后，密闭棚室24小时。或每100平方米用硫磺粉150克、敌百虫500克、锯木屑500克，分几处放在铁片上，下边燃烧炭火。点燃闭棚12小时以上，然后放风即可。
二、根结线虫的预防
症状及发生规律：该病主要危害根部，形成许多大大小小的肿瘤（根结）。剖开根结，可见有很小的呈乳白色的线虫。地上部，轻者症状不明显，重者生长缓慢，植株比较矮小生长不良，中午气温较高时，叶子呈萎蔫状，早晚或浇水后，萎蔫的植株又可恢复正常。
根结线虫以老龄幼虫排出的卵，在卵囊团或者随散落的根结（病残体）在土壤中越冬，当第二年温度达10℃左右时，幼虫孵化，侵入根、刺激根部细胞增生形成肿瘤。根结线虫主要靠病土、病根传播。其次是通过灌溉水、农具等传播。在土温20℃时，线虫开始危害，25～30℃时最适宜其活动，超过40℃幼虫大量死亡。适宜的土壤相对含水量是40％～70％，如果干燥或过湿，其活动和繁殖受限。通气不好的重茬疏松沙壤土根结线虫病发生重。
综合防治措施：1、整地前彻底清洁大棚，把病秧病根清除出田深埋或烧毁。2、深翻土60厘米以上。3、铺盖地膜和密闭棚室使地温达50℃以上，连续密闭15天左右。4、可每亩用线虫必杀或克百威颗籽剂1．5～2公斤，或每平方米用1毫升抗菌素爱福丁处理土壤。可以结合耕地施肥撒施，或播前定植前施在定植沟内。以上方法综合进行，防效率达95％以上。
三、育苗苗床消毒
1、苗床土消毒：取来配制营养土的肥园土，若怀疑其带有病原菌时，需对其消毒再用。可用苗菌净或恶霉灵或苗菌敌等土壤杀菌剂，按药土比对成药土，播种时，用2／3的药土铺底，其余的药土盖种子。或再配制营养育苗床土时，配制其它成分的同时，按每立方米的用药量直接掺入营养土中并拌匀。具体方法是用5份过筛净园土、2份过筛腐熟厩肥、3份腐熟马粪混合均匀，每立方米培养土中掺进鲁北硫酸钾复合肥1公斤及草木灰10公斤及苗菌净100～120克和克百威或线虫必绝100克。营养土配好后装营养钵或填入苗床内。
2、种子消毒：在洁净的小盆倒入种子体积5倍55～60℃的热水，将称好的种子放入温水中，并用小木棍不断地搅动，待水温降至30℃时停止搅拌，或用1000倍高锰酸钾药液浸泡10分钟，后用清水搓洗几遍，再浸泡4～6个小时，捞出凉干后，用净纱布或毛巾包起，放在25～28℃处催芽。待种子露白即可播种。
