亚麻仁饼粕中含有生氰糖甙，此外还含有亚麻子胶和抗维生素B6等抗营养因子。
生氰糖甙
含在未成熟的亚麻子实中，含有亚麻苦甙，本身，但在40℃~50℃，PH5左右时，被亚麻子本身所含的亚麻酶酶解后生成氢氰酸。少量的氢氰酸在动物体内自行解毒，但过量会引起中毒。由于亚麻子的成熟程度不同和加工条件的不同，亚麻饼粕中氢氰酸的含量差异很大。采用机械热榨油法时，由于亚麻苦甙及亚麻酶绝大部分遭到破坏，其饼粕中氢氰酸含量一般较低。但用冷榨法或土法榨油时由于焙炒温度不高或焙炒不匀，则使得饼粕中氢氰酸含量较高，甚至高于卫生标准（氢氰酸含量≤350毫克/千克，在猪鸡全价料中要求低于50毫克/千克）。
亚麻子胶
在亚麻子的种皮中含有一种黏性胶体物质，称为亚麻子胶，含量约为子实的2%~7%，在亚麻子饼粕中约占3%~10%。它是一种可溶于水的糖类，主要成分为乙醛糖酸。该物虽可溶于水，但却完全不能被单胃动物消化利用。在日粮中亚麻子胶含量多时，会影响动物食欲，造成粪便黏度增加。反刍动物瘤胃微生物可以分解亚麻子胶，并加以利用。由于亚麻子胶可以吸收水分而膨胀，使饲料在瘤胃中停留时间延长，有利于微生物对饲料进行充分消化。
抗维生素B6因子
亚麻子中含有抗维生素B6因子(l－氨基-D-脯氨酸)，属D-脯氨酸的衍生物。在亚麻子中，它与谷氨酸结合成二肽，称为亚麻素。亚麻素可经过水解而形成D-脯氨酸。据估计，l-氨基-D-脯氨酸与维生素B6的结合能力为亚麻素的4倍。维生素B6与亚麻素结合会失去生理作用，抑制吡哆醛向吡哆醇的转化，从而造成与氨基酸代谢密切相关的B6的不足，影响体内氨基酸代谢。因此在使用亚麻子饼粕时，要加大维生素B6的用量。
