牛病毒性腹泻由于症状与牛瘟、牛口蹄疫、牛传染性水疱性口炎、牛恶性卡他热、牛传染性鼻气管炎、牛蓝舌病、牛副结核病症状有相似之处，因此在诊断过程要加以区别。
牛病毒性腹泻症状
临床可分为急性型和慢性型。急性病例，可突然发病，体温升高到40-42℃。精神沉郁，厌食，腹泻，发病2-3天内，鼻镜与口腔粘膜表面糜烂，舌面上皮坏死，流涎增多。在口腔损害之后常发生严重的腹泻，粪便从水样逐渐到粘稠，含有大量粘液和气泡，甚至带血，腹泻过程长者可持续3-4周，病牛常在发病后5-7天内死亡。急性病例犊牛较多见，慢性病例呈持续性或间歇性腹泻，病程较长，可持续数月。
类症鉴别。
本病应与牛瘟、口蹄疫、传染性水疱性口炎、传染性鼻气管炎、副结核病、恶性卡他热、蓝舌病等相区别，其区别要点如下：
1、牛瘟：口腔粘膜有坏死性病变，有腹泻，这一点与粘膜病相似，但牛瘟腹泻剧烈，小肠粘膜有坏死性炎症，病死率很高。而粘膜病腹泻粪便从水样逐步变为粘稠，小肠粘膜主要是卡他性炎症，肠淋巴结肿大，病死率不高，病程比牛瘟长。
2、口蹄疫：在口腔唇内面、齿龈、颊部粘膜以及蹄冠皮肤、趾间、乳头等处出现水疱为其特征，病死率低，传染性强。而粘膜病口腔粘膜虽有糜烂病灶，但无水疱过程，此外，粘膜病病牛会发生严重的腹泻，腹泻可呈持续性，病程长，有一定的病死率。
3、传染性水疱性口炎：口腔有水疱及糜烂面，而粘膜病口腔粘膜虽也会有糜烂病灶，但无水疱过程，而且水疱性口炎除可感染偶蹄兽外，还可感染单蹄兽，且在自然情况下发病率低，发生死亡者极少，也没有腹泻的症状。
4、恶性卡他热：在口腔粘膜也有糜烂，鼻粘膜和鼻镜有坏死病变，此点易与粘膜病相混淆。但恶性卡他热有几个本身的主要特点：一是呈散发性；二是全身症状重笃；三是眼睑、头部肿胀，眼球发生特异的上翻状态，眼角膜浑浊；四是病死率高。这几点可与粘膜病相区别。
5、传染性鼻气管炎：传染性鼻气管炎又称坏死性鼻炎。特征是上呼吸道粘膜发生炎症，而引起脓性鼻漏，鼻粘膜高度充血及出现浅表性溃疡和坏死，此点与粘膜病的鼻镜与口腔粘膜表面糜烂有时易于混淆。但粘膜病的特征症状之一即严重的腹泻以及剖检时可见胃肠道卡他性、出血性、溃疡性乃至坏死性炎症，而传染性鼻气管炎病变主要在呼吸道粘膜呈现炎性变化及浅溃疡。
6、蓝舌病：本病病牛由于在口唇出现水肿以及硬腭、唇、舌、颊部及鼻镜有轻微糜烂，因而在临床上易于粘膜病相混淆。但粘膜病常发生剧烈腹泻为其特征症状之一，此点蓝舌病是没有的。
7、副结核病：副结核病在临床上以腹泻为其特征，腹泻可以从间歇性腹泻发展到持续性腹泻，继之变为水样的喷射状腹泻。由于严重腹泻，病牛高度贫血和消瘦，并伴有下颌、胸垂、腹部水肿，后多衰竭死亡。从腹泻角度看，在临床上与粘膜病进行鉴别诊断有一定困难。但应注意的是，粘膜有持续性或间歇性腹泻外，其口腔粘膜会反复发生坏死和溃疡，此点副结核病没有。另外，可用副结核菌素进行皮内反应，粘膜病病牛应为阴性反应，以此也可以区分。
