泥鳅养殖过程中，一旦发现病害，要及时采取防治措施进行处理，避免产生较大的养殖损失，常见的病害有水霉病、赤皮病、打印病、寄生虫病及其它生物敌害等。主要防治方法如下：
泥鳅水霉病：病鳅体表附着白色或类白色棉絮状物，食欲减退，鱼体消瘦，游动缓慢，在初春水温较低、鱼体受伤时较易发生此病。防治方法：1、捕捉、运输泥鳅时，小心操作，避免鱼体受伤感染；2、鱼体感染此病时，用3%的食盐水溶液浸洗病鱼5～10min,对发病鱼池用4%的食盐水和4mg/L的小苏打合剂全池泼洒。
泥鳅赤皮病：由于捕捞、运输过程中碰伤鳅体，或因水质恶化而引起细菌侵入诱发此病，该病对泥鳅危害大，尤其在盛夏高温季节发病率高。病鱼症状表现为鳍和腹部等皮肤呈灰白色，肛门冲血发红，继而肌肉溃烂，严重时在这些部位出现血斑，变成深红色，肠管糜烂，直至死亡。防治方法：避免鱼体受伤，全池泼洒1mg/L的漂白粉或0.3mg/L的二氧化氯溶液。
泥鳅打印病：患病部位主要在鱼体后半部，病灶红肿，多呈圆形或椭园形，此病多发生在7～9月份。防治方法：用1mg/L的漂白粉或2～4mg/L的五倍子溶液全池泼洒。
泥鳅寄生虫病：病鳅离群独游，摄食减少，鱼体瘦弱，常浮在水面、急促不安，或在水面打转，体表分泌大量粘液，多由车轮虫、舌杯虫和三代虫寄生在鱼鳃部和体表所致，该病主要发生在5～8月。防治：先用90%的晶体敌百虫0.5mg/L或0.7mg/L的硫酸铜和硫酸亚铁（5∶2）合剂全池泼洒，杀虫药用后第二天或隔天再用0.3mg/L的二氧化氯溶液全池泼洒，进行水体消毒。
泥鳅的敌害：主要有蛙类、蛇、水生昆虫（如水蜈蚣、红娘华）、鸟类及凶猛性鱼类等。泥鳅养殖期间，要及时做好敌害清除工作：池塘的进、排水口要用密网拦滤，防止野杂鱼进入；经常清除池边杂草，以防蛙类侵入，发现蛙类及时捕捉，蛙卵及时捞除；对水蜈蚣、红娘华，可用95%的晶体敌百虫按0.5～1 mg/L兑水全池泼洒；水蛇可用硫黄粉来驱赶，每亩用硫黄粉1.5kg撒在池堤四周；发现水鸟及时驱赶。
