1.细菌感染引起的肠炎：
(1)奶牛副结核病：常发生在3岁以上的奶牛，水样腹泻，药物治疗。病的后期奶牛消瘦、颌下水肿。病理变化特点：小肠肠壁凹凸不平，回肠肠壁粘膜层增厚，沟回增多。确诊需做血清学ELISA检验。
(2)沙门氏杆菌性肠炎：粪便中带有肠粘膜碎片。肠粘膜表面附着一层麦麸样物，用手触诊肠粘膜，肠粘膜极容易脱落。脾脏肿大，肠系膜淋巴结肿大。肠粘膜涂片、革兰氏染色、镜检，可发现大量革兰氏染色阴性杆菌细。
(3)链球菌性肠炎：粪便常常带有血液，死亡牛的肠腔内寄存血液。确诊需采取死亡犊牛肠粘膜、肝脏等病料直接涂片、革兰氏染色、镜检，可发现大量单个存在或2到3个相连的革兰氏染色阳性球菌。必要时做病料的细菌培养与细菌鉴定。
(4)梭菌性肠炎：犊牛的粪便常呈巧克力色，成乳牛的粪便呈煤焦油色，有的不排粪或排粪很少。奶牛发生猝死。取肠粘膜、肝脏直接抹片、革兰氏染色、显微镜观察，可看到大量革兰氏染色阳性带有芽孢的大杆菌。如果确定梭菌的血清型，需要进一步进行鉴定。
(5)真菌性肠炎：感染白色念珠菌和热带念珠菌，病牛以胃肠道炎症、溃疡、消化功能紊乱及腹泻为特征。口腔、食道黏膜面上覆有白色溃疡坏死膜。
诊断刮取口腔黏膜面上分泌物、涂片，革兰氏染色，显微镜观察。也可用粪便涂片、革兰氏染色，显微镜观察。
根据病原形态进行鉴定。也可用口腔黏膜面上分泌物或粪便进行真菌培养后鉴定。
(6)大肠杆菌病肠炎：
犊牛大肠杆菌感染引起的腹泻有以下几种：产肠毒素性大肠杆菌、肠致病性大肠杆菌、肠出血性大肠杆菌，此外还有产vero毒素大肠杆菌。
①产肠毒素性大肠杆菌：有二种表现：腹泻性肠炎：4日龄以内的犊牛水样腹泻，腹泻物呈现黄色、白色或者绿色，迅速脱水、肌肉无力，躺卧，可视黏膜干、皮肤凉，经4～12h休克、死亡。
无腹泻型肠炎：大肠杆菌毒素作用于胃肠道，引起的胃肠麻痹，导致胃肠腔内积液，脱水、毒素吸收、休克、死亡。
②肠致病性大肠杆菌和产vero毒素大肠杆菌：腹泻的临床特征不。
③肠出血性大肠杆菌：犊牛腹泻的日龄平均为15d，犊牛食欲与体温无异常。腹泻较轻，粪便中带血。病程长者可出现脱水和体重减轻、关节炎、消瘦和躺卧不起等临床症状。腹泻严重的犊牛可发生死亡。
细菌感染性肠炎的诊断：
病原诊断：病料涂片、革兰氏染色、镜检;病料培养、细菌分离、鉴定。
血清学诊断：消化道四联夹心ELISA试剂盒检查。
2.病毒性传染病引起的腹泻：
(1)病毒性腹泻：我国大型牧场BVD牛的阳性率高，有的牧场阳性率80%以上，这种牧场的牛群内存在持续感染排毒牛，称为BVDV-PI牛，这种牛持续向外排出的病毒，感染其他牛，如果感染妊娠50—150天的母牛，胎儿对病毒无识别力，病毒在胎儿体内繁殖，所产的胎犊是带病毒牛，也称为BVDV-PI牛。BVDV-PI牛排出的病毒感染新生犊牛，经7——8天的潜伏期，犊牛在10日龄左右表现临床症状，主要表现拉稀粪。再经过10天(20～30日龄)犊牛出现病毒血症，犊牛抵抗力很差，免疫力，很容易继发细菌性传染病，常见的是犊牛肺炎。
BVD病的控制方案：国外主要采用疫苗接种、加强监测、淘汰BVDV-PI牛等措施进行防控。而我国BVD的实际防控体系基本空白，无论是牧区还是奶牛场对其危害都没有引起足够的重视，这是造成我国BVDV呈现不断流行趋势的重要原因。在确定BVDV疫苗免疫计划之前，应对该地区流行的BVDV分子流行病学进行调查和研究，终制定出一套完整的综合防控计划。
清除战略是检测和淘汰牛群中的BVDV-PI牛以及疫苗免疫两项措施。清除步骤是先利用RT-PCR检测混合血样和大缸奶样(血清、血浆)，对于阳性混合样品中的每个样品再利用抗原捕获ELISA进行检测，初检阳性牛为疑似PI动物。由于急性感染牛同样存在短期的病毒血症，为了避免假阳性的出现，通常3～4周后对初检阳性牛进行复检，若为PI动物则检测应仍为阳性，若为急性感染牛则病毒血症此时已经消失，检测应为阴性。
清除所有PI动物后，进行后续监测，若连续12个月无新生PI犊牛出生则说明牛群已经完成净化。
检查PI牛的另一个方法是用胶体金诊断试剂板，如果牧场中有慢性呼吸道病牛这种牛生长缓慢或不长的牛，是否为BVDV-PI牛，可用BVDV单克隆抗体试剂盒进行诊断。采取病牛血液，分离血清后，向试剂板的孔内滴加一滴血清，再滴加2滴稀释液，观察15—30，试剂板上出现二道红线条，确定PI牛，这是对病牛群中是否存在PI牛的为的方法。
(2)轮状病毒性腹泻：
牛粪便可排出轮状病毒，是病毒储存宿主，犊牛出生后感染，经10天左右的潜伏期，出现腹泻。是目前我国各大型牧场犊牛腹泻的原因之一。
腹泻一般发生在10～15日龄。发病的犊牛是重要的传染源，污染的粪便、饲养员的鞋、饲喂工具、奶桶、饮水等途径传播。
轮状病毒对环境具有很强的抵抗力，在冬季常常爆发轮状病毒感染。轮状病毒一般与其它病原发生混合感染，主要的是与小球隐孢子虫混合感染。常常继发沙门氏杆菌病感染。。
症状：亚临床感染、轻度感染、中度及重度感染。
亚临床感染：犊牛不表现临床症状，但向环境中排毒，是一种传染源。
轻度感染：犊牛粪便成形，变软，犊牛精神状态、食欲、饮欲等正常，轻微脱水。
中度感染：犊牛粪便不成形，粪便一般呈黄色，由于奶消化不全粪而呈白色，恶臭，粪便中带有脱落的肠黏膜。
重度感染：腹泻一般呈黄色水样、粪便带有肠黏膜、脱水、精神沉郁、体温、末梢温度，如果治疗不及时，可发生休克，甚至死亡。
轮状病毒性腹泻的诊断：
轮状病毒性腹泻的确诊需做消化道夹心四联ELISA检验：采取病牛的粪，进行轮状病毒、冠状病毒、F5大肠杆菌、隐孢子虫的抗原检测。
轮状病毒：测定值>5.61%，为阳性，我国大型牧场犊牛腹泻的阳性率40%～80%。
3.寄生虫引起的腹泻
(1)小球隐隐孢子虫病
传播途径与症状隐孢子虫病是犊牛常见腹泻，该病主要通过饲料、饮水等经口传染给犊牛，是后天性寄生虫病，常引起犊牛肠炎流行和暴发。近几年来，作为水源性疾病(水被粪污染、水桶、奶桶污染、奶污染)引起。3~4日龄至3~4周龄犊牛引起急性腹泻，7~15日龄的犊牛易感染，1月龄的牛发病率亦较高。犊牛发病率一般在50%以上，病死率可达16%以上。
诊断小隐孢子虫的ELISA检验是可靠的敏感的检验方法，也可做粪便中乱囊的检查。
小球隐孢子虫的诊断：消化道四联夹心;ELISA检查：测定数值>5.69%，为阳性。阳性率60%～80%。粪便的乱囊检查采取饱和盐水漂浮法。
(2)球虫病
断奶后到六月龄的牛易发生腹泻，但吃奶期间的犊牛也可发病。
腹泻：腹泻牛的粪中带有鲜血或血凝块。
诊断用饱和盐水漂浮法，检查球虫的卵囊，看到卵囊，确诊。
