水产动物疾病的防治目前主要是以生态防治和药物防治为主。生态防治在水产动物疾病防治上有较大的潜力，但目前在这方面的应用较为肤浅，有些仅停留在经验上，对疾病的控制还不能发挥较大的作用。药物防治是水产动物疾病防治的一种最简单、最直接的方法，它在水产动物疾病防治上起着较重要的作用。但是盲目用药，滥用药，不仅增强了病原体的耐药性，药物的防治不能获得理想的效果，而且使养殖水域环境受到了较大的破坏，渔产品药物的残留增加，严重地威胁着人类的健康。因此科学用药已是水产动物病害防治中的一个不容忽视的问题。
1水产动物病害药物防治的误区
由于近年来水产动物病害日趋严重，渔民为了挽回损失，在药物防治上也出现了一些误区。
1.1药物的使用剂量无限增加 这样不仅造成用药成本增加，而且极大地破坏了水产动物体内外正常微生物种群的平衡，增加了致病菌的耐药性。
1.2片面追求用昂贵的人、兽用新特药 采用最新的人用或兽用药物治疗水产动物的疾病，对水产动物缺乏足够的药理、毒理以及临床研究方面的数据，有可能对水产动物疾病的防治不能起到较大的作用，反而可能对环境和人类带来极大的隐患。
1.3滥用中草药 对中草药的误解，认为中草药即为绿色渔药。相对而言，中草药比化学药物的毒性小，产生耐药性的可能性较低，但是中草药仍旧是一种药物，它也有正负两个方面的作用；另外它的加工方式直接影响着其疗效。如果只看到它的正面效应而忽略其反面作用，如果不重视它的加工方式，大量地不合理地使用中草药，也会得到相反的效果。
1.4给药方法不合理 大部分水产养殖动物对稳定的环境依赖性较强，治疗水产动物的疾病时应根据不同的病情和客观条件采取适当的方法。教条地、片面地采取某些不恰当给药方式，不仅不会获得有效的疗效，而且还将会带来更大的损失。
1.5认为“健康养殖等于不用药” 水域环境，尤其是集约化养殖环境是病原体孳生的场所，水产动物无时无刻不受着病原体的侵袭。我们提倡健康养殖，除了改善养殖环境之外，合理、有计划、科学地用药也是一重要方面。
1.6依赖特效药 根据药物和水产动物病害研究的现状及其生理生态的特点，可以并不保守地说，治疗水产动物病害目前尚无特效药。防治水产动物的病害寄希望于特效药是不可取的。
2水产动物病害防治的科学用药
科学用药的目的是提高水产动物疾病的防治效果与水产动物的品质。科学用药，就是从药物、病原、环境、水产动物本身和人类健康等方面的因素出发，有目的、有计划、有效果地使用药物，达到预防和治疗水产动物疾病的效果。我们应认清药物的正负两个方面的作用：一方面药物具有防病治病作用或改良环境、增强水产动物体质的作用；另一方面如果频繁使用药物，不仅会导致病原体耐药性产生，使药物防治失效，而且会对养殖动物产生毒害或刺激作用，破坏水体的微生态环境。
具体来说，科学用药主要应考虑以下几点：①要正确诊断，对症对方用药；②选药要有明确的指证，安全用药；③掌握影响药物疗效的一切因素，排除各种因素可能造成的对药物的干扰，适宜用药；④适当加大或缩小用药的浓度、用药的次数和用药的间隔时间，合理用药；⑤祛邪扶正并举，增强机体的抗病能力，控制用药；⑥认真观察、分析，根据情况采取停药、调整剂量和改换药物的措施，有效用药。
科学用药，要把工作重点放在“以防为主，防治并重”上。在疾病流行的高峰期要根据水产动物疾病的流行规律，定期投喂抑制和杀灭病原体的药物或提高养殖动物新陈代谢机能的药物来预防疾病发生。常用方法为将药物加入饵料中，如加一些对病原体敏感的抗菌素或中草药（如板兰根、大黄、大蒜、黄连等）以及某些维生素、微量元素、矿物质等。
科学用药还应当把开发与使用水产专用药物、渔用疫苗、微生物制剂与生物药作为发展方向。以往大部分水产药都是人、兽用药物的延伸，这类水产药物，有可能对人类健康造成潜在的危害。只有大力开发使用水产专用药物，才能使水产品真正长销不衰。渔用疫苗、微生物制剂与生物渔药不会对水产动物造成负面作用，它们才是真正的绿色渔药，是科学用药的一个最有效和最有前途的方向。
