藻类问题一直是水族养殖家最挥之不去的梦魔，却又不得不时时与它相见，其实以一个生态平衡的健康概念来看这个问题，藻类千百万年来就一直无所不在，空气中、土壤、水中，它们随时在我们身边的，既然不可能叫它们消失，我们就必须健康的面对这个问题──藻类必须存在我们的水族缸中！只是它们存在的量是多还是少！
而有趣的是，藻类的量多或量少，完全取决于我们对水族缸所设立的环境条件，有时我们的环境适合水草或鱼类生存，自然藻类就少一点，或少到肉眼看不到。相反的，如果因为疏于照顾或设立条件不正确所经营的环境，这时藻类正好占到天时地利与人和而大量增生，一般我们所最不愿意见到的就是这种“藻类共和国”泛滥的水族缸。所以藻类要多要少完全是操之在我们的手中，而不是藻类自己随便长出来的。即是黑毛藻（或称刷状藻）也不是随随便便会长在一个光合作用旺盛，繁花似锦的水草缸中。
因为水草缸中的各种基本设立条件一定必须附合水草生存的竞争优势，让我们的生活环境好到快乐似神仙，藻类相对之下不但被用力的比了下去，而且连一点点繁殖的机会也没有。至于必须掌握那些基本条件呢？以下几点可以作为重要参考：
相对射线强度
一、光源的选择
一个水草缸的成败主因之一，来自于这个缸子的能源推动者──光源的选择。光源必须光谱正确，光量足够才有可能提供水草成长基本条件，光谱必须符合水草生长光谱，而这种适合水草生长的光谱却又正好是藻类最厌恶的光谱，这种物种生存的条件的拮抗关系，正突显出自然界的平衡机制。3200°K±200°K左右的色温光谱是最适合光合作用的光谱选择，在这种室温下应保持足够的光照量，科学上来说，应以流明数（Lumin）来说明，但水族界不常用这个单位，所以概括来说，下面这个表列可以大致说明水草缸需的光量，但是，这个表中所阵列的数据是以有效正确的光谱为率（3200°K±200°K），否则不但意义不高，而且可能会长满整缸的藻类。
二、水质条件设定
大部分兴冲冲种水草的人，可能一切条件都做的到，但唯独水质的条件常常忽略或不知道，而导致水草一开始就成长不良，随之而起的是藻类大量爆发，在还不知所以然的情况下就结束了对水草的热爱。其实只要掌握水质的硬度条件就可以大致上进入正确的康庄大道，就好象养海水鱼，一定用海水，不管是天然或人工的，不致于有人想用淡水养红海黄金蝶、法国神仙吧！硬度在水草缸中的条件也是非常重要的，一般我们习惯使用德制硬度dGH为单位，建议比较适合所有水草共生的水草缸硬度设定，约在7度左右，但对于中柳、红柳等水草，其硬度设定不访再向上提升2度，亦即7－9度是比较保险的做法。这个条件对于一般入门的爱好者是比较不容易失误的，当然对于颇有心得的玩家们，在养殖条件上已随心所欲而不影响水草生长，则硬度条件可视个人需求而增减此一范围。市面上硬度提升方法可以选购锭状的硬度提升锭，并以二氧化碳催反应，可以得到长期而稳定的水草总硬度及碳酸硬度（dGH）值。
依本表列例:一个四尺缸（4×2×2尺）总水量约为400公升，若以强光为例，则光量选择约在400×0．5～400×0．7＝200～280W之间，而一般水草缸的光量大多是以中光到强光之间为光量使用依据，极强光则往往必须使用卤素（或水银）吊灯方可达成。
三、充足的二氧化碳
或许这点很多人会说：“我每天都按时打CO2啊！”但是是否正确而足够就不会那么令人满意了，因为不足量的二氧化碳是无法推动水草的光合作用的，水草的竞争优势自然随之降低，藻类常在此时揭竿而起，大量盘据整个水草缸，水草随之逐一被覆盖而死亡。
CO2是否足够，光*说明书与目测经验是不够的，请定时每2－3天以滴剂来测试水中二氧化碳是否足够，因为随着水草成长的不同，其实每天水草缸需求的二氧化碳也是随之变化的，甚至一个换水，水质条件的改变也会造成每日例行打入的CO2浓度随之变化。建议水缸的 CO2浓度在至少20－25ppm，即使是35ppm也不为过，可以另以所谓的长期指示剂来监测 CO2浓度，但要小心使用期限，因为这类指标剂是需要定期更换的，否则当误报发生时，就是藻类孳生的同时候了！
四、足够的水草养份
要水草长得好当然得供应好的营养，一般而言以根部的基础肥料而叶面的液体肥料为主。好的营养系统供应水草营养但不供应藻类营养需求，营养成份比例及配方是否正确，关系到整个水草缸的平衡，营养不是愈多愈好，越愈浓愈好，这是不正确的观念，好的营养是恰到好处，用完即可，过多的残余元素，水草利用不到自然是藻类拿去用，因此好的营养系统是针对水草缸开发研究的，将许多肥份元素加在一起只能说是一种肥料而已，是用来长草或是长藻不得而知！
长期使用基肥供应水草根部营养所需，可以持续很久一段时间。但水草生长过盛时根部营养会来不及供应，此时针对根系发达的水草，如九官草、蛋叶、中柳、红柳……等，必须在根部额外补充营养，如锭片设计的根部专用营养锭，可以定期植入砂中以维持这类水草旺盛成长。
五、正确过滤
水草缸的过滤建议以密闭式桶式过滤为主，过于瀑流或剧烈扬气的过滤装置，不但不能确保水草缸中CO2的指标浓度而且这种全天候24小时的高氧环境，正是藻类繁殖的最佳环境。
一般而言，藻类喜欢生长有水流较强、溶氧较高的环境下，如果各位经验上还记得，黑毛藻最常长在过滤器的水中出水口部份，不管是否使用洒水管，水流越快的地方，黑毛藻愈多愈茂密。因此在正确的使用滤材下，过滤桶的出水量与过滤量并非愈大、愈快愈好，讲求的应是硝化细菌系统的有效过滤效率。一般建议以每小时过滤量为水草缸总水量的2－3倍即可，过强的水量输出会造成水草缸CO2不足或是溶氧全天候过多，引起藻类孳生，而愈小的桶子愈大的出水量更是不足以形成有效的过滤，因为太快的水流是没有办法让硝化菌有充分时间来进行硝化反应的，在这种情形下所营造出来的环境条件，显然对藻类的生存竞争有利太多了，水草长得不好，藻类子孙满堂，当然是一定的趋势了。
大量藻类会妨碍水草正常生长藻类的滋生会影响水草缸的整体景观
当然以上条件完美掌握的话，藻类问题当然一点也不成问题，只是对于初入门的玩家，似乎苛求了些，而且要同时兼顾上面的主要重点，除了细心谨慎之外，使用器材的选择能力与实务操作经验，都可能是初入门的爱好者一个头二个大的实际问题。所以即使在非常小心的情况下，藻类还是比你早一步的长了出来！而且一旦长出来后的情况，几乎从此一路大长，直到无法收拾的地步。
接下来我们面临的问题就是如何去除令人讨厌的各种藻类，因为在预防已经失守的情况下，如何用力战胜它们，就变成了最现实的问题了。
去除藻类，恐怕先了解一下水箱中的藻类常常孳生的种类，最常见的是附着于缸壁内侧玻璃上的上一层褐色的附着性藻类，是属于较容易清除的藻种。起因是水中硝酸盐含量过高而导致大量增生。
第二种是一种绿色的毛状丛生藻类，此等藻类属于较高等的绿藻类，常发生在水草丛的上方，它扩张速度慢，看似不构成威胁，但用手摘除后其部份细小断裂丝状藻类却仍“住”在丛生水草如珍珠草，鹿角铁皇冠及墨丝丛中，随时伺机而发，因此有种野火烧不尽，春风吹又生的无力感。今天除掉，明后天又看见一丛丛绿毛藻逐渐集结。
第三种是绿色丝状藻，但不象上述的绿毛藻丛生，它会一端附生在水草叶片上，另一端则随水流摇曳生态，渐流渐长，它的生态特性与绿毛藻有相同的地方，也是野火烧不尽型的。在德国的某家杂志中把这种藻归类在“水质良好、水草健康成长”的指标生物，所以看到这种藻不知道是要恭喜你还是要同情你！其实这三种丝状藻又可细分为粗丝状及细丝状，上述的主角是指粗的品种而言，细丝状则不若粗丝状种来得那么反应水草缸的健康状况。因为这种细丝状毛藻常在一些养种状况不好的水草缸出现，而且丝牵得很长，故常被戏称“放风筝”！
第四种常见的藻类就是最令人讨恶的黑毛藻或称刷状藻的品种，其实它是一种红藻，在水中磷酸盐过高或硝盐过盛的情形下，又加上水流较强或气曝过滤设备，就会快速出现，占据水草缸的一个角落，当然水草身上也无一幸免，此时即使换水降低磷酸和硝酸盐到零的地步，这种黑毛藻也不会消失，只是扩张速度慢一点而已，所以一般人见到这种藻真是又恨又怕，几乎是象被判了死刑一样。
去除上述藻类，有些容易有些较为棘手，但是下列的对抗政策略绝对值得参考，而对抗层次不同，互相搭配使用，应该是可以解决藻类问题的！
一、物理清除法：
如玻璃壁上褐色藻层，可以轻易的用细软布匹或三角板等将其去除，至于叶片上的藻类可用手指将其搓掉，此时并配合换水保养，可以大量稀释藻类孢子。但请别忘了根本的问题在于水中过多的残存营养源，如硝酸盐等，良好的过滤与正确的光源还有减少喂食才是最根本的治本方法。至于第二及第三种绿毛藻与丝状藻，可以用手将其摘除，或使用毛刷将其卷附掉，可以很快去掉大量藻体，但只能治标不能治本。
二、生物防治法：
加入藻食性生物来吃掉增生的藻类，是一种最和平又具生态平衡观念的藻类防治法。水草缸中适合放入食藻鱼有小精灵，它适合去除褐色藻层，而青苔鼠也是不错的选择，只是成鱼个体大，有时在休息时会压垮部份细嫩草技。嗜食藻类的金线飞狐（Epalzeoryhnchus siamensis）是非常值得推荐的食藻鱼，它具有强大的食藻能力，绿毛藻、丝状藻是它的最爱，而黑毛藻只要附着的地方足够提供它咬食时的施力点，如石头、枯木表面，它也会克尽职责──将其啄食，但叶片上的黑毛藻恐怕是无法根除的，因为它少了着力点无法施力，在此强调一点，不要挑选到（Epalzeorhynchus kallopterus）泰国飞狐，因为它吃藻机会不高，而且嗜食美味饲料，所以别选错了！不过市面上的金线飞狐数量不多，出现机率少，恐得多逛逛水族馆了！
食藻虾则可选择最常见的黑壳虾，它负责清除鱼缸中沉积物，使藻类不易孳生。另外如大和沼虾则是摄食丝状藻的高手，也是相当好的水草共生虾类。基本上无攻击性而且不带有螯，个体不会过大的虾类都可以列入名单中。
三、药剂防治法
当所有的防治清除方法都没有令人满意的功效时，使用含除藻成份的化学药剂可能是最后一道防线了：选用藻类防治剂也是必须仔细挑选品牌与功能性，有些市售品牌不只除藻而且除草，这是可怕的一件事，若因此而毁了整缸水草，恐怕得不偿失！良好设计的除藻剂往往具有阶段性的有效功能，例如：依使用方法在第一阶段或疗程可以清除容易清除的丝状藻，第二疗程目标可以清除较为顽固的绿毛藻，第三疗程目标则可去除最令人伤脑筋的黑毛藻，依次分类设计可针对不同藻类对象施予不同等级的治疗方式，可以确保有效克制藻类及孢子，更重要的是如何安全的设计可以保证水草及鱼只生命安全，使藻类完全被清除也还给水草缸一个生气盎然的生态景观！
