绿头野鸭的骨骼结构具有致密、轻而坚实的特点，以有利于飞翔、支持和保护机体器官。绿头野鸭全身骨骼依其所在部位可分为躯干骨骼、头部骨骼和四肢骨骼。
( l ）绿头野鸭躯干骨骼
绿头野鸭的躯千骨由伸屈自如的颈椎、结合强固的胸椎、愈合完全的腰荐椎和可动的尾椎组成。
颈部由14 ～ 16 个颈椎构成乙状弯曲，使颈部灵活伸展转动，便于啄食、警戒和用嚎梳理羽毛、衔取尾脂腺分泌物以滋润羽毛。
胸部由胸椎、肋骨和胸骨组成，胸椎有9 个，胸骨长而宽，胸腔大，横断面呈椭圆形。每一肋骨都和椎骨骼呈直角连结，以利于胸腔的扩大。
腰荐骨由11～14 个骨块愈合而成，同时腰荐骨两侧还与骼骨连结，形成翅膀或后半部坚固的支架，以适应飞翔的需要。
( 2 ）绿头野鸭头部骨骼
头部骨骼分为脑颅和面颅两部。脑颅圆形，内有脑和听觉器官；面颅位于脑颅前方，呈钝圆的长方体。绿头野鸭的筛骨垂直板阔宽，伸展到鼻腔后部，鼻骨较小，泪骨呈阔三角形，腭骨粗而短。
( 3 ）绿头野鸭四肢骨骼
绿头野鸭前肢由于适应飞翔而演变成翼。肩胛骨较长，乌喙骨与肩胛骨形成的夹角几呈直角。锁骨两侧愈合成U 形。臂骨很长，翼静止时，其远端可达髋关节，骨盆带长。胫骨更长，比股骨约长一倍。
绿头野鸭的颅骨、肱骨、锁骨、胸骨、腰椎骨和荐椎等可通过气囊进行呼吸。同时在繁殖期内，当母鸭钙摄入量减少时，其髓质骨为蛋壳形成提供现成的钙源，满足母鸭的生理需要。
