为了改善麝种群状况，必须严格地进行选种选配。选择种麝和组织选配是麝养殖业上的一个重要步骤。每个麝场都应建立一定数量的育种核心群，以提高整个麝群的质量。目前很多麝场只能进行选种，还不能很好选配。只有实行科学的选种选配，才能取得良好的经济效益。
（一）种公麝的选择
为了提高麝群生产力，应采用已被生产实践证实了的改良动物品种的方法― 选择。选择包括系统选择和个体选择两项内容。后者是不考虑来源和与配对象来挑选个体。根据麝的年龄、生产性能、体质外貌、耐粗饲、抗病力等具体条件评定种公麝的价值。种麝必须年龄适宜，营养良好，体况中等，体形优美，体质好，性欲旺盛，睾丸匀称，产香量高，具有品种特征。系统选择是依据预选种麝是否具备其双亲的基本优良特性和特征，即种用标准，以及种麝能否将这些特点巩固下来并传给后代，进而全面评定种麝的遗传性能和育种价值。种公麝可按生产力、年龄、体质外貌、遗传性等项来选择。
1 ．产香量 麝的选择最简单的方法是按产香量选择，即把整个麝群内每个个体的产香量统算出来，把最好的麝留作种用。种公麝的产香量应比本场同龄公麝平均单产高出5 -10 克。
2 ．年龄 应在3 岁半到13 岁半的公麝中选择。
3 ．按体质外貌选择 确定作为种用的公麝，应当具有坚强有力的骨架，匀称的体形，一般来说，健康而强壮的公麝，麝囊也大，且麝香分泌也多。除上述总的要求以外，还应该特别注意以下几点。
( 1 ）皮肤与被毛 被毛柔软、致密，具有该种类的毛色特征。皮肤紧凑，富于弹性。
( 2 ）头部 应具有本种类典型的轮廓。凑，两耳直立灵活，眼大而隆起，温和光亮。口角较深，唇较坚强有力。鼻梁不过于狭窄，面部下端不宜过锐，肉则使整个头形呈老鼠头。
( 3 ）颐部 与头部、躯干衔接良好。一般衔接不好的多为不良的体质和体况的表现不强。颈厚，且粗壮。过于纤细则生产力不强
( 4 ）躯干 肩应有适当的宽度、丰满，胸深，肩脚后方无凹陷。对公麝的要求是前躯发达，脊柱要平直、强、宽，棘突良好。身腰宜长，背可稍具弓形。肋骨突起不宜过于明显。臀部长、高、宽而且丰满。尾不可过长，因为短尾是本种类的特征。
( 5 ）四肢 四肢的肌健发达，粗壮有力，长度适宜，与躯干连接紧密连接紧密完好。前肢直立，关节不宜靠拢或呈 “X ”状，后肢弯曲适度，应有短而强的富有弹力的系部。四蹄坚实规整。
( 6 ）生殖器官架丸发育良好，左右对称，无隐睾。
（ 7 ）体况 种公麝应具有育种体况，肥度中上等。
（ 8 ）香囊 香囊要大，香囊皮肤紧凑，富有弹力。
4．遗传力 按系统选择，也就是按起源和后裔品质来选择。选择双亲生产力高、体形大、体质强健、体形优美、耐粗饲、适应性强、抗病能力强、遗传力强的后代作为种公麝。该种公麝的后裔生长发育快、产香质量好、繁殖力强。采用这种选择方法，必须具备以下几个条件：①有严格的登记制度，建立种麝卡片：②配种时必须有详细记录③采用单公群母或者单公单母的配种方式。
（三）种用母麝的选择
为了提高母麝的繁殖力和消除不孕，无论生产场或育种场，皆应进行母麝的选择，对无经济价值的母麝要进行淘汰，整顿麝群。
第一，外貌体形优美，体形大，骨骼结实，胸容积大，但是不宜过重。肌肉组织发育良好，四肢强壮有力。乳头和乳房发育良好，形状端正，排列整齐，分泌乳汁量大。皮肤进走，被毛光亮，气质安静，母性强，善于哺乳。不宜过于肥大，具有本种类特征。
第二，健康无病，适应性强，抗病力强，耐粗饲，营养良好，体况中等以上。
第三，历年无难产，繁殖力较高，繁殖性能稳定。
第四，育种核心群母麝要从4-12 岁的壮龄母麝中选择。
（三）种用仔麝的选择
比粗选择生长发育，生产力良好的公母麝所生的仔麝。仔麝应该是：强壮、健康、敏捷；躯体长，骨骼和四肢发达，胸部和臀部宽阔。
