水产饲料微生物添加剂包括微生态制剂，又称益生素、活菌制剂等，它是在微生态理论指导下，人工分离正常菌群，并通过特殊工艺制成的活菌制剂。饲用微生态制剂是作为饲料添加剂直接添加使用的微生态制剂，美国食品药品管理局（FDA）将这类产品定义为可以直接饲喂的微生物。
一、饲用微生态制剂菌种
1989年美国FDA和美国饲料控制官员协会公布了被认为是安全可以直接饲喂微生物菌种名单，共42种。1999年我国农业部第105号公告公布了可以直接饲喂动物的饲料级微生物添加剂菌种有12种，即干酪乳杆菌、植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌、粪链球菌、乳链球菌、枯草芽孢杆菌、纳豆芽胞杆菌、乳酸片球、沼泽红假单胞菌、啤酒酵母、产朊假丝酵母、曲霉。目前国内外反刍动物普遍使用的饲用微生态制剂有乳酸菌类（乳酸杆菌、双歧杆菌等）、芽孢杆菌类（枯草芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌等）等细菌类及曲霉类（黑曲霉、米曲霉）和酵母类（啤酒酵母、石油酵母及其培养物）真菌类单一菌制剂及复合菌制剂。
益生菌主要有芽孢杆菌，其次是双歧杆菌、乳酸杆菌等。经过选育的芽孢杆菌以其耐酸、耐碱、耐高温的良好稳定性和优良的产酸、产酶、产维生素性能应用最为广泛。
芽孢杆菌在其生长繁殖过程中能够产生乙酸、丙酸、丁酸等挥发性脂肪酸，这些酸类能够降低动物肠道的pH值，可有效抑制病原菌的生长，为乳酸菌的生长创造了条件，其中丙酸还能够参与三羧酸循环，为动物新陈代谢提供能量;芽孢杆菌在生长繁殖过程中还能够产生很高的维生素B1、B2、B6等B族维生素和维生素C，为动物提供维生素营养，从而促进动物生产性能的提高;芽孢杆菌在生长繁殖过程中还能够产生植酸酶，促进动物对植酸磷的利用和对脂肪的消化吸收率，产生的氨基氧化酶及分解硫化氢的酶类，可将吲哚类氧化成无毒、无害的物质，从而降低畜禽舍内氨气、硫化氢的浓度和臭味，减少环境污染。
双歧杆菌不仅可以产生各种维生素如维生素B1、B2、B6、B12、烟酸和叶酸等以供机体所需，还能通过抑制某些维生素分解菌来保障维生素的供应;双歧杆菌还可以降低血氨改善肝脏功能。肠道内腐生菌产生的大量吲哚、硫化氢、胺等代谢产物需在肝脏中由酸解毒，随后以葡萄糖醛酸盐和硫酸盐等形式排除，若不及时解毒将导致肝功能紊乱和循环系统失常。双歧杆菌在肠道内可吸收利用这些含氮有害物质，抑制产胶的腐败菌，降低肠道内的pH值，使氨变为难于吸收的离子型，达到降低血氨的功效。
乳酸杆菌能合成动物体所需要的多种维生素，如维生素B1、B2、B6、B12、烟酸、泛酸、叶酸等，当某些因素造成肠道菌群失调时，动物会表现出维生素缺乏症。
二、微生态制剂的作用机理
细菌性微生态制剂进入肠道内与肠道内正常菌群呈现出共生、共栖、竞争及吞噬等复杂关系，主要通过调整微生态和酶的平衡、增强免疫力及提高胃肠内营养水平等发挥作用;真菌性微生态制剂主要通过改善胃肠道环境发生作用。
1.细菌性微生态制剂
（1）保持胃肠道微生态平衡
正常微生物与动物和环境之间所构成的微生态系统中，优势菌群对整个微生物群起决定作用，一旦失去了优势菌群，则原微生态平衡失调，原有优势菌群发生更替，便会出现生产性能下降和疾病状态。微生态制剂作为动物肠道的优势菌群饲喂后可弥补正常菌群的数量，抑制病原菌生长，恢复胃肠道菌群平衡。
（2）促进肠道优势菌群形成、增强免疫机能
新生动物消化道处于无菌状态，胃肠道pH值接近中性，利于肠道病原菌的生长，加入乳酸菌类微生态制剂后，形成乳酸菌优势菌群，参与肠道正常菌生物屏障结构，通过生物夺氧及竞争性排斥抑制过路菌或侵袭菌等病原微生物在胃肠道黏膜上皮的定植和生长;同时，在肠道代谢过程中产生的VFA（乳酸、乙酸、丙酸等）使动物pH值下降、抑制有害菌的生长;有些有益菌产生抗生素、过氧化氢，可杀死多种潜在病原菌;有些活菌可作为免疫复活剂，刺激胃肠非特异性局部免疫，提高免疫球蛋白的浓度和巨噬细胞吞噬病菌的活性，增强动物免疫力。
