1．原基不分化 如在室内袋栽出菇，当环境条件调控不当时，有50-70%左右的原基不能分化成子实体，只有少量的原基形成子实体，而且朵形小，质量差，产量低。仿野生栽培可改善此状况，但仍有部分原基分化后干枯或腐烂。症状及原因如下：
症状:原基表面没有分泌的水珠，表面干燥变黄或腐烂。
病因:为温、湿、气、光四大要素失调所致，如菌袋失水过多，空气湿度不足。没有调整好通风与提高湿度的关系，顾此失彼。掌握湿度大小的时机不对。光照强度不适，原基受灼烤干枯死亡。
防治:查清病因后，要有针对性地调整好温、湿、气、光四大要素的相互关系，使之相对平衡。
2．畸型菇
（1）"小老菇"
症状：原基分化后菇体即老化，生长缓慢，叶片小而少且内卷，边钝圆，内外均有白色的多孔层及菌孔，菇体小，浅白色，呈现严重的老化现象，6-8月份高温季节较多见。
病因："小老菇"由菌袋内的原基直接分化而来，营养供应不足。通风不良菇体缺氧。
防治:加强通风降低温度，适当增厚覆土以保证水份的供应。
（2）"鹿角菇"和"拳形菇"
症状:菇体形似鹿角，有枝无叶或小叶如指甲，或紧握如拳。颜色浅白，无栗蘑香味。这类畸型菇极易老化，商品价值低。
病因:光照不足。通风不良，氧气供应不足。
防治:根据出菇场地和菇体形状适当增强光照。在炎热天气，早晚要延长通风时间。
（3）原基和成菇腐烂
症状:原基或菇体部分变黄、变软，进而腐烂如泥，并有特殊臭味，多发生在高温高湿的多雨季节。
病因:湿度过大，通风不良，感染病虫害或机械损伤所致，多发于旧的出菇场地。
防治:增大通风，降低湿度，防治病虫害。
