锦鲤的分类，根据鳞片的差异可分为两大类，即普通鳞片型和无鳞型或少鳞型，无鳞的草鲤和少鳞的镜鲤是从德国引进的，所以常叫做德国系统锦鲤。按其斑纹的颜色即可分为三大类，即单色类如浅黄、黄金、变种鲤等；双色类如红白、写鲤、别光等；三色类如大正三色、昭和三色、衣等。
现在，全日本的“爱鳞会”则采用13种的分类法：红白、大正三色、昭和三色、写鲤、别光、浅黄秋翠、衣、变种鲤、黄金、花纹皮光鲤、写光鲤、金银鳞、丹顶。
红白锦鲤
红白锦鲤的底色为白上衬红色斑纹，是日本锦鲤的正统，有“绐于红白，终于红白”的美称。红白锦鲤中最可贵的品种是白色中绯红色要在眼部之上；其次是嘴部，没有绯红色而只是白色的是上等鱼。根据其背部斑纹的数量、形状和部位可分为如下品种：
1、二段红白锦鲤：在洁白的鱼体上，有2段绯红色的斑纹，宛如红色的晚霞，鲜艳夺目。躯干部的红斑，要左右对称才算佳品。
2、三段红白锦鲤：在洁白的鱼体背部生有3段红色的斑纹，非常醒目。
3、四段红白锦鲤：在银白色的鱼体上散布着4块鲜艳的红斑。
4、一条红锦鲤：从头部到尾柄有一红色的条带。
5、闪电纹红白锦鲤：鱼体上从头至尾有一红色斑纹， 此斑纹形状恰似雷雨天的闪电光弯弯曲曲，因此而得名。
6、富士红白锦鲤：在头上有银白色的粒状斑点，就像是富士山顶的积雪。 但是此斑点一般只出现在1龄或2龄的鱼体上。
7、御殿樱锦鲤：小粒红斑聚集成葡萄状的花纹， 均匀地分布在鱼体背部两侧。
8、金樱锦鲤：御殿樱锦鲤红色鲜艳的鳞片边缘嵌有金色的线， 称为金樱锦鲤。此是名贵品种，外表非常美丽。
大正三色锦鲤
大正三色锦鲤产生于1915年日本大正时代。其主要特点是在鱼体的纯白底色上布红色和黑色斑纹。这种鱼，最好的是黑色部分如墨一样黑，背侧有大的绯红色斑纹和黑色斑纹和谐地排列。所有的颜色必须显现在背部上方才算正品。大正三色锦鲤有的以斑纹新奇的色彩而制胜；有的却以姿态优雅、体形丰满、格调奇特而引入注目。根据其鱼体上红、黑色斑的分布可分为：
1、口红三色锦鲤：在鱼的嘴唇上生有圆形的鲜艳小红斑，极为俊俏。
2、赤三色锦鲤：指从头至尾柄有连续红斑纹的大正三色锦鲤。
3、富士三色锦鲤：在鱼体雪白的底色上，除有红、黑两种斑纹以外， 头部出现银白色粒状斑纹。
4、德国三色锦鲤：以锦鲤为基本型，鱼体无鳞，在白色皮肤上， 赫然呈现出红、黑斑纹。幼鱼时期鱼体尤为华丽。
昭和三色锦鲤
昭和三色锦鲤产生于1927年日本昭和年代。其主要特点是鱼体的黑色底色上有红、白花纹点缀，胸鳍基部有圆形黑斑，又称元黑。昭和三色锦鲤具有较高的观赏价值，华丽而矫健，是锦理中的精华。其主要品种有：
1、淡黑昭和锦鲤：在其黑斑上，所有的鳞片呈浅黑色，淡雅优美，别具风采。
2、绯昭和锦鲤：从头部至尾部，有大面积的红色花纹，红黑相同， 艳丽而庄重。
3、近代昭和锦鲤：鱼体仍由黑、红、白三色组成，但是白色斑纹居多， 黑纹犹如黑点白宣，具有大正三色锦鲤的鲜明色彩。
4、德国昭和锦鲤：以镜鲤为基本型。德国鲁鱼体披上昭和三色锦鲤的彩衣， 花纹鲜明。
写鲤
写鲤的体色是以黑色为基底，上面有三角形的白斑纹或黄斑纹或红斑纹。其品种有：
1、白写锦鲤：其三角形斑纹呈白色。此鱼黑白分明。
2、黄写锦鲤：其黄斑纹金黄而有光泽。
3、绯写锦鲤：其三角形斑纹呈橙红色，胸鳍也有红色斑纹。
别光锦鲤
在洁白、绯红、金黄的不同底色上呈现出黑斑的锦鲤，称为别光锦鲤。其品种有：
1、白别光锦鲤：鱼体的底色洁白，其上的黑斑纯黑，色浓， 分布于躯干部和尾柄部，黑白相同，色彩极为明快清秀。
2、赤别光锦鲤：鱼体底色为红色，背部有黑斑纹。
3、黄别光锦鲤：在黄色的鱼体上，点缀着漆黑如墨的黑斑。
浅黄锦鲤
此类鱼是锦鲤的原种之一。其背部呈深蓝色或浅蓝色，鳞片的外缘呈白色，左右颊颚、腹部和各鳍基部呈红色。根据其体色浓浓程度可分为：
1、绀青浅黄锦鲤：鱼体呈鲜艳的深蓝色。
2、水浅黄锦鲤：是浅黄锦鲤中鱼体颜色最浅的一种。
3、秋翠锦鲤：其背部光润，呈钴蓝色，鱼体犹如秋季湛蓝色的天空； 下腹部生有鲜艳的红色斑纹；在鱼背和侧线处各有一条排列紧密的鱼鳞，从头通向尾部。
衣锦鲤
衣锦鲤是红白锦鲤与浅黄锦鲤杂交的后代。所谓衣，是指在原色彩上再套上一层好像外衣的色彩。其品种有：
1、蓝衣锦鲤：是红白锦鲤与浅黄锦鲤杂交的后代。在红色斑纹上略带色， 而红斑上的鳞片后缘又有半月形的蓝色网状花纹。是锦鲤中受欢迎的品种之一。
2、墨衣锦鲤：在红白锦鲤的红斑上再浮现出黑色的斑纹。
3、衣三色锦鲤：是蓝衣锦鲤与大正三色锦鲤交配所产唾的品种。 在大正三色锦鲤的红色斑纹上显露出蓝色斑纹。
4、衣昭和锦鲤：是蓝衣锦鲤与昭和三色锦鲤交配所产生的品种。 在昭和三色锦鲤的红斑上出现蓝色斑纹。
变种鲤
按锦鲤的13种分类法，除其中12种以外的其他品种都归属为变种鲤。变种鲤大多彩古朴，主要品种有：
1、乌鲤：是由绀青浅黄锦鲤衍变的，鱼全身黑色，庄重大方， 具有一定的欣赏价值。根据鱼体上出现白色斑纹的部位又分为羽白锦鲤(胸鳍未端呈现出白色)、秃白锦鲤(胸鳍边缘、鼻尖、头顶呈白色)和四白锦鲤(头部、左右胸鳍、 尾鳍呈现白色)。
2、黄鲤：鱼体呈明亮的黄色，闪闪发光。有红眼黄鲤和黑眼黄鲤之分。
3、茶鲣：鱼体呈茶色。
4、绿鲤：全身呈明亮的黄绿色。
5、松叶锦鲤：与浅黄锦鲤同属古老的锦鲤品种。 在每片鳞上浮现出黑色斑纹。若在红色鳞片上浮现白色斑纹，称为白松叶锦鲤。若在赤色鳞片上出现黑色斑纹，称为赤松叶锦鲤。
黄金锦鲤
指鱼体为单色金黄的鲤鱼。此类锦鲤中的代表品种有：
1、山吹黄金锦鲤：鱼体呈纯黄金色，鱼鳞排列整齐，亮晶晶的， 发出金黄般的光芒。
2、桔黄金锦鲤：鱼体为纯桔黄色。
3、灰黄金锦鲤：鱼体银灰色，无鳞。
4、白金锦鲤：鱼体呈银白色。
花纹皮光鲤
是杂交品种。凡是无鳞鲤并形成两色以上花纹的，均称为花纹皮光鲤( 写鲤系除外)。主要品种有：
1、菊水锦鲤：在全身白金色的底色上，浮现出黄色斑纹， 尤其是头部和背部的银白色特别醒目。
2、锦水锦鲤：在淡蓝色的鱼体上，显露出较多的红色斑纹。
金银鳞锦鲤
金银鳞锦鲤是通过不断地杂交得来的。鱼体全身有金色或银色鳞片，闪闪发光。如果鳞片在红色斑纹上，则呈金色光泽，称金鳞锦鲤；在白底或黑底上，则呈银色光泽，称银鳞锦鲤。
丹顶锦鲤
特点是头部具有一块鲜艳的圆形红斑，酷似白鹤头顶上的红冠。常见品种有：
1、丹顶红白锦鲤：全身银白，仅头顶有一块鲜艳的圆形红斑，浓妆素裹， 堪称一绝。
2、丹顶三色锦鲤：全身洁白，其上略有乌斑，头顶有一块鲜艳的圆形红斑， 集素雅、艳丽于一体。
3、丹顶昭和锦鲤：身躯为昭和三色锦鲤斑纹，唯有头顶生有一块红色斑。
写皮光鲤
写皮光鲤又叫光写锦鲤，是写鲤与黄金锦鲤杂交而成的后代。主要品种有：
1、金昭和锦鲤：是昭和三色锦鲤与黄金锦鲤交配而得的品种。 相似的还有银昭和锦鲤，其鱼体呈白金色。
2、金黄写锦鲤：是黄写锦鲤或绯写锦鲤与黄金锦鲤交配而成得的品种。
