为了促进藏獒的选育、提纯和品质改良，仅仅重视对藏獒的选择是不够的，还必须注意并加强藏獒的配种。但不是藏獒在原产地的自然交配，而是人们有目的、有意义地选取在性状表现、性能特征乃至亲缘关系等方面有一定特色的公母犬进行交配。选配不仅可以巩固父母本藏獒在某些方面的性状遗传，更可以创造和培育出优良的藏獒个体。这种交配方法或交配形式称为藏獒的选配。藏獒的选配有以下几种类型。一、等级选配即按藏獒综合评定等级标准对与配公母犬进行等级评定，确定公母犬的等级后，再确定公母犬的配对或交配。通常公犬的评定等级应高于母犬，每世代主配公犬应达到特级，不低于一级。而基础母犬或称为与配母犬应达到一级，个别具备独特性能或特征母藏獒容许二级。公犬的等级按特级或一级要求，原因在于公犬影响面大。选择品种性能或特征优良的公藏獒配种，利于提高犬群的整体水平，并使犬群性状整齐，表现一致。二、保持血统保持血统的意义在于保持以血统为特征的不同犬类型。据调查，藏獒有6种基本毛色，并各自在头形、嘴形、尾形、被毛分布、气质品位等方面具有特色。按血统选择公母犬交配，可以有效地把不同血统公母犬所具有的性状与特征集合在一起，创造出理想的藏獒个体，也可以把各血统藏獒所具备的优良性能和特征稳定下来，保持下去。保持血统选配方法与按家系留种的方法应科学结合使用。一方面按家系留种，规定在世代更替中，必须为每只种公犬留有1个儿子，以继承其血统。也规定为每条母犬留1个女儿，以保持其遗传性。这样可使各家系的特征得以保存。另一方面，并不排除各血统间或血统内公母犬间的交配。就后者而言，容许有一定范围和程度的近交。为使某一家系藏獒独特的品质性能得到扩展或稳定遗传，或者为剔除某一血统可能存在的隐性缺陷，最有效的方法就是在该家系藏獒中实施一定程度的亲缘交配，即近交。据测定，藏獒有极强的抗近交能力，使用近交系数3.125％-12.5％的近交形式，诸如姑侄、叔侄、甚至半同胞交配，可有效地在后代藏獒中再现出类拔萃的祖先个体的形态和特征，后代藏獒在生活力、抗病力、适应性及生长发育等方面并不表现出衰退。事实上，藏民群众也认为“有亲戚关系的狗交配，狗娃表现好”。进而言之，遍查世界所有家畜、家禽的育成历史，几乎都不同程度地使用了近交。近交可以促进性状基因的纯合，巩固性状的遗传性，揭露有害基因，并有效地形成犬群的整齐一致。所以，只要有明确的目标和正确的措施，灵活的方法，严格选种，就不仅能防止近交可能引起的不良后果，做到近交不衰退，并可以尽快地建立性状稳定、品质纯正的藏獒群。理论上也可以说明，在藏獒品种形成的近千年历史中，经历了青藏高原严配，自然环境的磨练和藏民群众极端严格的选择。在藏獒种群中，应当说，隐性有害基因表现的可能性很小，凡有不良表现的个体都会被淘汰，保留的个体，几乎不携带隐性不良基因。因此，在近交中隐性不良基因重合的可能性就更低，即使近交也很少表现衰退。但这种交配却能最有效地促进决定优良性状基因的纯合，固定优良性状并保存某些优良个体的血统，将某一非常优良藏獒的品质性能尽快变成群体所共有，实现创造和培育优良藏獒的目标。三、品质选配这种交配方式是根据与配公母犬的品质对比而决定是否交配。即选取在性状表现、性能特征、气质表现以及与适应性有关的性状上相同或不相同的个体进行交配。前者称为同质交配，后者称为异质交配。这两种交配方法有时单用，有时同用。即根据与配公母犬在体型、外貌、体质、体尺以及毛色等方面的表现，有时可以进行同质交配，有时可以进行异质交配；有时可能先同质，后异质；也可能某几个性状上是同质，另外的性状上却可能是异质。针对藏獒在头形、嘴形、耳形以及骨量和毛色等方面的表现来决定。进行品质交配应有计划，计划应尽可能详细。如果是异质交配，公犬应在体尺、头形、嘴形、耳形和骨量上有优势，表现出类拔萃。母犬在体长、体高、繁殖力等方面有良好表现。这样的公母犬交配，后代一般会继承父母双方的优点，形成优良性状性能。在头形、嘴形、耳形和骨量等方面像公犬，而在体高、毛色与繁殖性能方面似母犬。同质交配则要求公母犬在头形、嘴形、骨量、毛色方面具有相似的优点，交配后可使这些性状得到巩固和遗传。品质交配的难点是根据毛色进行公母犬配对。藏獒有6种基本毛色：纯黑色、铁包金色（又称“四眼”或马鞍色）、红棕色、杏黄色、纯白色和狼青色。除此之外，还有许多其他中间毛色。毛色遗传表现十分复杂，决定该6种毛色的基因是复等位基因。即在决定毛色的染色体的同一位点上至少存在着6对等位基因，这些等位基因之间存在着显性、等显性、无显性等不同关系。例如，黑色公犬交配红棕色母犬，后代有黑色、红棕色、巧克力色（底毛是红棕色，毛尖呈红黑色），呈无显性遗传。如果用红棕色公犬与黑色母犬交配，即反交，后代中除出现黑色与红棕色幼犬外，还会有狼青色个体出现。关于藏獒的毛色，除受到遗传制约外，也随年龄发展而变化。除纯黑色、四眼毛色犬外，其他如红棕色、杏黄色藏獒在幼小阶段都表现着色程度不同的青灰色胎毛，3月龄左右，胎毛逐渐褪去，开始出现黄色或红棕色。判断足月小犬未来颜色最重要的部位是耳后的毛色。根据耳后的毛色基本可以确定一生的毛色。在藏獒中所占比率最高的四眼毛色，虽然生来具有，但眉斑有大小，颜色有深浅。标准的四眼毛色应该为眉斑大而圆，斑缘整齐、清晰，颜色以红色最佳，黄色较好，白色四眼较差。
