鳄鱼龟养殖就要提高卵的孵化率，才能产生效益。孵化室日常管理工作的中心是提高鳄鱼龟卵的孵化率。在生产上根据鳄龟卵胚胎发育对环境的要求，可采取以下措施。
1.关于孵化介质的问题在孵化时，与鳄龟卵直接接触的物质即称为孵化介质。通常孵化箱内的孵化介质为黄砂，其价格便宜，通气、保湿、恒温胜能好，是传统的孵化介质。但用黄砂作为孵化介质后，孵化箱的重量大大增加，造成搬运不便，劳动强度大。为此有些单位改用无毒的人造海绵作为孵化介质，已初见成效。其方法是仍在原来的孵化箱内先铺一层厚3毫米的湿人造海绵作为底层，在其上再铺一层厚5毫米的人造海绵，在其上均匀打上直径为2.6-2.8厘米的小圆孔，然后将鳄龟卵分别放在小圆孔上，鳄龟卵就不会任意滚动，其上再盖一层厚3毫米的人造海绵即可。人造海绵具良好的通气和保水性能，其重量轻，不仅降低了劳动强度，而且鳄龟卵的胚胎发育也更容易观察。但缺点是卵的固定较麻烦，而且由于没有黄砂的缓冲作用，控制稳定的孵化条件较困难。
2.关于鳄龟卵在孵化过程中能否翻动的问题一般认为由于鳄龟卵的卵黄相对较大，外包少量稀薄的蛋白质，因此鳄龟的胚胎抗震能力差，在搬动孵化箱时，必须小心轻放。而且鳄龟卵无蛋白系带，在孵化过程中不能随意翻动，特别是孵化开始一个月内，切忌翻动，否则容易造成胚体受伤，影响孵化率。但近年来不少试验表明，鳄龟卵动物极的放置方位，不论是正放、横放还是倒放，还是不同孵化阶段的分批倒置，对孵化率均无多大影响，关键是鳄龟卵的质量以及孵化温度、湿度和通气条件等。但笔者认为这种试验均未用生物统计方法进行，而且也缺乏对其胚后发育的进一步观察，因此原则上还是应模拟鳄龟卵在自然界孵化的要求：即动物极向上，卵静止不动。在检查鳄龟卵的胚胎发育时，应轻轻拨开箱内砂层，取出鳄龟卵检查后，仍应白点向上，原样放回原处为妥。
