疫苗使用不合理疫苗保存不当（特别是在没有冰箱的条件下，更是时有发生）；使用生水稀释疫苗；注射疫苗时一个针头用到底，既不更换针头，也不严格消毒；使用过期的疫苗；将疫苗故意低浓度稀释；疫苗注射剂量不足（如皮下注射时穿透皮肤，注射时太匆忙等）；不根据畜禽的发病特点和规律以及母源抗体情况、环境卫生条件灵活变通，照搬书本上的免疫程序；使用活菌制剂时，配合使用抗生素或含有抗生素的饲料及饲料添加剂……所有这些，都会导致免疫失败，给养殖户造成严重损失。
不能合理使用抗生素
一些过去能治疗多种疾病的药物，因其微生物产生了耐药性，已经变成了无效药。《畜牧兽医》杂志在2002年就报道了两次药敏试验的不同结果：沈阳农业大学畜牧兽医学院对检测出的子猪C群链球菌的试验结果证明，该型细菌对庆大霉素、头孢霉素、氨苄青霉素、氧氟沙星、恩诺沙星高度敏感，对新霉素、卡那霉素、诺氟沙星等具有抗药性。
在推荐使用抗生素添加剂时也是这样。长期使用某一种或某几种抗菌药物添加剂，特别是使用土霉素等广谱抗菌药物，不但容易造成产品污染，使病原微生物产生抗药性，还会使胃肠道内正常菌群受到抑制，导致消化功能紊乱，B族维生素缺乏，更为严重的是可能会使一些细菌发生变异，如分泌某些酶类，使抗生素失活，并可以将耐药性由非病原菌传给病原菌，使抗药性菌群进一步扩大。
磺胺药使用不合理
磺胺类药物是临床常用的抗菌药物，如磺胺嘧啶（SD）、磺胺间甲氧嘧啶（SMM）、磺胺二甲氧嘧啶(SDM)、复方新诺明(SMZ)等。许多兽医并不清楚磺胺药的作用机理，不知道磺胺类药物只能抑制细菌生长繁殖，不能彻底杀死细菌，临床用药很不规范，不懂得遵守“首次突击量，以后用维持量，症状消失后使用最小量”的用药规律，不清除脓汁和坏死组织，用药间隔太长或太短等；在发现治疗效果不好后，不是检查自己的判断是否准确，及时改换其他有效抗微生物制剂，而是继续毫无标准地加大
剂量使用磺胺药。这样做，都会使那些原本对磺胺药比较敏感的微生物也开始呈现耐药性，一些原本使用磺胺药能治好的传染性疾病变得难以治疗。
用药配伍不合理
许多基层兽医在配伍用药时，不知道药物的理化特性和配伍禁忌，只是凭感觉配伍应用。临床常见的不合理配伍用药很多，如：庆大霉素与青霉素、5%的NaHCO3，链霉素与庆大霉素、卡那霉素，乳酶生与复方新诺明、磺胺脒，20%磺胺嘧啶钠与青霉素G钾、Vc注射液……这些不合理的配伍，既导致配伍药物失效或产生毒副作用，又无故增加了畜主的经济负担，尤其是治疗混合感染性疾病时，很难取得理想的效果。
