沙门氏菌污染饲料时有发生。为防止沙门氏菌污染饲料，可采用包括日粮处理、监测原料和成品以及监控饲料加工中的各个参数等措施。
大多数报导的动物食物中毒例中，是由血清型非白痢沙门氏菌如鼠伤寒沙门氏菌、肠炎沙门氏菌和肠炎沙门氏菌海德堡变种引起的。1989年，英国和威尔士发病30000例，死亡61例。北美发病450000例，但死亡率较低。美国每年由沙门氏菌病造成的经济损失估计超过10亿美元。
沙门氏菌在温度高于10℃、pH6—7.5范围内繁殖最快。在商品饲料生产条件下，饲料不可能作冷藏处理，但添加各种有机酸（甲酸、乙酸、丙酸和乳酸）降低饲料的pH，就可以消灭或抑制饲料中沙门氏菌生长，并可改善动物肠道的微生物区系，但需注意饲料酸化特别酸浓度高时，对加工设备和动物采食量均有不利影响。一般饲料中添加0.25%的丙酸，72小时内可使沙门氏菌大大减少，还可减少肉鸡肠道和粪便中的沙门氏菌数。研究表明，雏鸡饲料添加0.5%—1%的丙酸不会降低采食量。
肉鸡日粮甲酸钙添加量大于0.72%时，可使生长和饲料效率下降。而添加0.5%—1%的富马酸可以明显地（P<0.05）促进生长。饲料中添加抗菌剂已证实能有效地抑制沙门氏菌。Bailey等（1998）研究了各种抗菌剂包括球虫药对口服沙门氏鼠伤寒杆菌培养物的雏鸡的影响，发现各种抗菌剂结合使用，能有效地减少沙门氏菌在盲肠中繁殖。
Deloach等（1989）报导，小鸡料中添加D—甘露糖可防止鼠伤寒沙门氏菌在盲肠中繁殖。但商品饲料用D—甘露糖作为沙门氏菌控制剂是不可行的，因费用太高。某些用作防止沙门氏菌污染的乳成分饲料添加剂比甘露糖更为适用，饮水中添加2.5%乳糖，与甘露糖有相同的作用，可阻止沙门氏菌在小机肠粘膜上繁殖。
制粒过程中饲料所受到的热足以杀死沙门氏菌。Liu等(1969)发现，当饲料含水量为15%，加热到88℃时可完全将沙门氏菌杀灭。调查表明，41%的肉鸡开食料和58%的蛋用种鸡日粮样品都有沙门氏菌存在，经蒸汽调质和压粒后，这两种日粮大约只有4%的样品尚有沙门氏菌存在。微波加热（1.5—2kw,2.5min）粉状机饲料，温度虽可高达186℃，但所有样品中的沙门氏菌都未杀灭。将微波加热过的样品，立即装在绝热容器中保持一段时间，或再用热空气加热，可提高杀灭沙门氏菌的程度。
饲料中两个主要的沙门氏菌污染源是原料和成品料被污染。饲料厂控制沙门氏菌的首要问题是监测。用标准培养法检测某些饲料中的沙门氏菌是适用的。这种检测法需将25g样品于225mg乳酸盐或或适用的营养肉汤中进行“复苏”或预富集，随后在亚硒酸胱氨酸肉汤或连四硫酸盐肉汤中培养。平板培养时要选择适宜的培养基，包括海克吞肠道菌菌铋琼脂、亚硫酸琼脂等。而后，群落在3个蔗糖铁或赖氨酸铁琼脂斜面上“复苏”。采用生物化学或血清学试验来确认沙门氏菌。此法通常需4—7天。饲料添加剂如痢特灵对这种检测法可能会有干扰。
已研究出快速鉴别食品中沙门氏菌的酶免疫分析法。此法一般需要富集步骤，再使沙门氏菌的一般结构抗原与酶或荧光标记的抗体起反应。
美国和加拿大的饲料工业协会，已为饲料厂防止沙门氏菌污染制订了一些管理措施：
1．为了防止再污染，原料和成品必须分开放置。每个放置物料的场所都有各自的一套工具如铁锹、扫帚和搬运工具。工作人员从原料库到成品库，必须通过脚消毒池。饲料厂必须消灭鼠、鸟和昆虫。粒料和粉料应分别设计储存仓。
2．由于沙门氏菌在饲料中需要有10%以上的水分生长，因此所有渗漏的地方都应修理好，房顶漏缝和破了的玻璃窗等有可能进水的地方都必须及时修理。输送设备必须加盖。
3．原料应向声誉好的供应者购买。原料和终产品都应以干燥、清洁和密封好的输送工具运输。
4．沙门氏菌可通过粉尘扩散，因此要按常规清理和控制饲料厂粉尘，包括清除高架管、混合器和灌装设备上的粉尘，减少沙门氏菌的扩散机会。
5．必须经常及时清除各种废料。操作人员的休息场所供给消毒肥皂。混合设备、料斗、输送机以及提升机的罩应经常检查，及时清除残留物和积集的饲料。
