主要有真菌类疾病、细菌性疾病、寄生虫病、原生动物性疾病等，危害最大的是细菌性疾病和体内寄生虫感染，实际病原种类大约有十余种，目前尚没有病毒感染的证据。
1、真菌类疾病
主要有水霉病以及真菌性白内障。水霉病主要表现是体表或鳍生长棉絮状白毛，鱼体消瘦。治疗方法是提高水温至30℃，用亚甲基兰和福尔马林合剂浸泡。白内障有不同的诱因，如果眼睛巩膜上长白毛，就可以确诊了。治疗方法和水霉病接近，也可以用盐水浸泡，或在病灶部位涂抹癣药膏。
2、细菌性疾病
恶性复合性细菌感染是一种对七彩神仙危害很大的疾病，它的主要症状是皮肤溃疡、皮下充血、鳍基红肿充血、鳞片竖立等，一旦症状发展到全身，会很快死亡，来不及医治，在发病初期，可以用抗生素浸浴。肠炎，通常是由于摄入了不洁食物造成的。症状是拖白色粘脓的粪便，不摄食。由于拒食，投喂药饵的方法收效甚微，可以用灌肠的办法，即注射器连接软管，将药液从食道注入肠道内。适合治疗肠炎的药物主要有土霉素或氟哌酸。
3、体内寄生虫疾病
毛细线虫、丝虫、蛲虫、绦虫在体内寄生很普遍，即使正常健康的鱼体内也可能有寄生虫，当鱼体质良好时不会表现明显的症状，而一旦水质变坏、鱼抵抗力下降，寄生虫就会对鱼造成致命伤害。饲养七彩神仙的专业渔场常定期在鱼饲料中添加杀虫药，一般一周或两周喂一天药饵，饲料中所添加的药物通常是肠虫清，也有用敌百虫的，后者药量较难掌握。
