有了种源要逐渐建立优良繁殖种群，所以要进一步对成年蛤蚧和卵进行选择，以优良个体组成种群，不断提高种蛤蚧的体重和产卵量，从而提高饲养蛤蚧的经济效益。
１．选种标准 一般成年体蛤蚧体长由吻部至泄殖腔孔１２～１６厘米，尾长１０～１４．５厘米，体重６０～８０克，最重的可达１００克以上。选留种蛤蚧体长应在１５厘米以上，体重应在７０克以上，达不到这一指标的应另群饲养，做商品处理。在繁殖方面，一般１只雌成体蛤蚧一年产２枚卵，但在人工饲养条件下，由于饲料充足、营养丰富，有的个体一年可产２次卵，每次产卵２～４枚。根据这一情况，在达到体重、体长标准的个体中，选择每年产卵２次的或１次产卵２枚以上的。经过一代代选种选育，经５～８年就可以培育出一个体型大、繁殖强的优良种群。
２．选种方法
１）成体选择
２）对卵的选择 一般个体大的雌蛤蚧产的卵大，体质好的雌蛤蚧产的卵亦大，所以种用卵应选择６．５克以上的卵单独孵化。大卵孵出的幼蛤蚧亦大，可以做种蛤蚧培育。６．４克以下卵孵化出的幼蛤蚧可以作商品蛤蚧培育。
３）对幼体的选择 蛤蚧当年卵自然孵化期平均１０５天，人工孵化条件下，孵化期７０天左右，选择６．５克以上的卵，在人工孵化条件下，孵化期７０天以内出壳的幼体，出壳重在４．５克以上的可以作种蛤蚧培育，孵化期超７０天或出壳时体重达不到４．５克，应归商品群饲养。因为出壳早的个体健壮、出壳重的生长快、个体大。
经以上三种方法选择，一般经三代，蛤蚧种源品质能大大提高。
３．雌、雄配比及种卵选择 成体雌、雄配比要适当，这样卵的受精率就高。实验表明，雌、雄配比在（３～５）∶１的情况下，自由交配，卵的受精率较高，所以在人工饲养条件下，种蛤蚧雌、雄配比以５∶１为好。孵化以前要对蛤蚧卵进行选择，发育正常的卵刚产出为白色，经过２０天左右变为浅肉色或肉色，此时若打开卵，可见卵黄上有大量的白丝呈网状分布，约１个月变为铅灰色，约２个月后卵变为浅灰黑色，直到３个月后幼体破壳而出，此时的卵壳呈血红色。在胚胎发育过程中，用手持卵均有重量感，无论何时称重，失重均不超过１／５，这样的卵属于正常卵。如失重率超过１／５，很可能为死胎。蛤蚧有时也产软壳卵，因软壳卵细菌容易进入和表面容易发霉而不能投入孵化。无精卵外壳白色，还有一些特别小的卵，属畸形卵，不能入孵。
