蕨类植物的病害相对较少，但大多数蕨类植物喜欢生长在高温高湿的环境条件下，病害也不可避免。在栽培管理过程中要加以防治，以提高观赏效果。
侵染性病害
侵染性病害会使蕨类出现各种病斑，影响其观赏价值，严重者还会导致植株死亡。主要有炭疽病、褐斑病、锈病、煤污病、猝倒病等。
炭疽病系真菌病害，其特征是病斑处有粉红色黏状物。
主要危害植株的嫩叶。被害部位开始在叶缘或叶尖呈水渍状圆形、近圆形的暗褐色小斑，而后逐渐由几个病斑扩大成不规则的斑块，颜色变为焦黄，有的病斑呈云片状，边缘有浅红色晕圈，后期病斑中部变为灰白色，有许多微小黑点，严重时整个叶片死亡。波斯顿蕨的柔软生长点会受到这种病菌的侵害，顶端变成褐色，萎蔫，损害植物的外观。
病菌以菌丝体、分生孢子或子囊腔在病叶上过冬，当温度升到20℃，相对湿度超过75％时就开始发病并借雨水传播，在25℃，湿度为80％至90％时，蔓延迅速。
本病以预防为主，在新叶形成的梅雨季节和高温高湿季节应喷药预防。调节温室的温、湿度和通风条件，保持叶片干燥，杜绝引入病株，彻底清除附近的病残体，可达到理想效果。在发病前或发病初期，每隔7天喷药1次，连喷2至3次，能收到良好效果。可选用75％的百菌清500倍液、50％多菌灵可湿性粉剂800至1000倍液或70％的托布津可湿性粉剂800至1000倍液喷施。大生、利得、施保克等杀菌剂也有很好的防治效果。
褐斑病蕨类植物的褐斑病又叫叶斑病或叶枯病，常发生在叶片的顶端，初期为圆形黑斑，后扩大成圆形或近圆形，病斑边缘黑褐色，中央灰黑色并有小黑点，此后病斑扩大迅速，叶片最后变成黑色，干枯死亡。
其主要传播途径是落叶，春夏秋季均有可能发生，高温高湿季节易流行。
防治时发现有病株要立即隔离喷药或剪除并集中焚烧，同时喷药保护。可选用50％的多菌灵1000倍液、50％的甲基托布津1000倍液、200倍波尔多液等药剂。
锈病蕨类植物的锈病可发生在翠云草等植株上，它每年于3至4月在幼嫩叶片基部反面的叶脉上产生担孢子，侵入植株而产生性孢子器与锈孢子器。5月份叶片上散发淡黄色粉末状夏孢子，然后产生褐色的冬孢子，如果大量孢子器侵入植株，植株就会生长不良。
可用65％的代森锌可湿性粉剂500倍液，1∶1∶50的波尔多液等进行防治，每隔10至15天喷1次，连续喷3至4次，可取得一定效果。
煤污病发病时叶片被黑色霉菌的孢子和菌丝体覆盖，通常发生在介壳虫及其他刺吸式害虫所分泌的蜜露上，所以应反复喷洒烟碱水及肥皂水，防治介壳虫及其他刺吸式害虫。
猝倒病此种病害由两三种不同的真菌引起，使原叶体变软、发黑而解体，在播种繁殖蕨类植物时经常发生。应把孢子播种在用蒸汽消毒处理过的土壤上，或用地可松溶液浇灌处理土壤。
生理性病害日灼病多数蕨类喜温暖半阴，不耐强光，光强度以1000至6000勒克斯为宜。强烈光直射会使其叶片干缩脱水，枯黄或焦边。防治方法是在半阴状态下，辅以2至3小时的阳光，可保持蕨叶常绿。已经焦边的蕨叶，除了及时剪去以保持叶片整齐外，应悉心养护，避免再受到强烈光线照射。
湿度失调空气过于干燥，易造成蕨叶卷边现象，故春夏生长盛期需多浇水。但夏季蕨类栽培土既要保持湿润，又不能太湿，以免造成根系生长不良；秋末应控制浇水，保持土壤稍湿润即可；越冬休眠期应减少喷水，以免烂叶。
温度不适高温危害大部分蕨类植物适生温度为18至25℃。盛夏短时的高温亦会使蕨类萎蔫、灼焦。因此，4月下旬开始，要通过覆盖遮阴、地面洒水及通风措施来降低温度。
低温危害铁线蕨等半耐寒蕨类要求冬季气温不能低于5℃，下延三叉蕨、鸟巢蕨、瘤蕨等不耐寒蕨类则不能低于10℃。温度太低，叶片会受伤害，引起萎蔫、变黑、死亡。可采取覆盖、熏烟、多施暖性肥料等措施，以保证安全越冬。
营养不适缺素症土壤中缺乏氮、钾、钙、镁、硫等元素，可造成蕨类生长发育异常。铁线蕨、银粉背蕨、矩圆石韦等喜钙蕨类，可在栽培土中掺入少量石灰、骨粉或碎蛋（贝）壳等。紫箕、狗脊蕨、鸟巢蕨、乌蕨等喜酸蕨类，应定期喷施0.1％至0.2％的硫酸亚铁溶液或结合施肥浇矾肥水。
过剩症常见的是氮、磷、锰、硼等元素的过剩症。肥害严重时，可冲水进行补救，具体做法是将土疏松，用长流自来水进行半天冲洗，一般冲洗1至2次即可见效。生产上应注意施肥次数和肥料浓度。充分利用肥效持久的农家肥，如厩肥、骨粉、饼肥、草木灰等，以保持蕨类旺盛生长。
