仔猪因肠道内尚未建立稳定的微生态系统，自身抵抗力较低，对外界刺激敏感，易受各种病原微生物的侵袭和各种应激因素的影响。哺乳仔猪以传染性腹泻较为常见，而保育仔猪以日粮抗原过敏、断奶、饲料突然更换、寒冷、环境应激等非传染性因素引起的腹泻为主。这两类因素间的关系十分密切，既相互影响，又互为因果，常呈多重感染或交叉混合感染。
引起仔猪腹泻的传染性因素主要是指传染性病原，其中病毒主要有猪传染性胃肠炎病毒和轮状病毒：细菌主要有大肠杆菌、沙门氏菌和魏氏梭菌等。
1、病毒性腹泻
猪传染性胃肠炎由猪传染性胃肠炎病毒引起。病毒主要存在于猪的空肠和十二指肠，其次为回肠。能感染各种年龄的猪，尤以10日龄以内的仔猪发病率和死亡率最高，幼龄仔猪死亡率可达100%，5周龄以上仔猪死亡率较低，成年猪几乎没有死亡。有明显的季节性，多发于冬春寒冷季节，传染迅速，常呈地方性流行。临床诊断以消化道感染为特征，其中以仔猪的症状最为严重，主要表现体温升高、精神沉郁、排腥臭水样粪便、呕吐和高度脱水。随着年龄的增长其症状和死亡率都逐渐降低，在老疫区，发病率较低，症状较轻。轮状病毒感染由轮状病毒感染引起，能感染各种年龄的猪，以2—5周龄的仔猪多发，发病率高(50%一80%)，死亡率低(7%一20%)。主要发生于寒冷季节。患病仔猪排黄白色或灰暗色水样或糊状稀粪，症状与传染性胃肠炎相似，但较轻且缓和。
2、细菌性腹泻
仔猪大肠杆菌病是由致病性大肠杆菌引起的一类传染病，引起仔猪腹泻的主要有仔猪黄痢(早发性大肠杆菌病)和仔猪白痢(迟发性大肠杆菌病)。
仔猪黄痢是初生仔猪的急性、致死性传染病。主要发生于1周龄内仔猪，以1—3日龄最为常见，发病率(90%)和死亡率(50%)均很高。临诊症状以排黄色或黄白色水样粪便和迅速死亡为特征。病仔猪精神萎顿，粪便呈黄色浆状、腥臭，严重者肛门松弛，排粪失禁，沾污尾、会阴和后腿部，肛门和阴门呈红色。迅速衰弱，脱水、消瘦、昏迷至死亡。
仔猪白痢主要发生于10—30日龄仔猪。发病率高，死亡率低，多发于寒冬、炎热季节，气候突变、阴雨潮湿、母猪饲料质量较差、母乳中含脂率过高等常常是本病的重要诱发因素。临床上以排灰白色浆状、糊状腥臭味稀粪为特征。
仔猪副伤寒由沙门氏菌感染引起。主要多发于1-2月龄仔猪，无明显的季节性，一年四季均可发病，但多发于寒冷、气温多变、阴雨连绵季节，环境卫生差、仔猪抵抗力降低等是本病的诱发因素。急性型常呈败血症变化，皮肤上有紫红色斑点;亚急性或慢性型表现为肠炎、消瘦和顽固性下痢，粪便恶臭，有时带血。
仔猪红痢 由C型魏氏梭菌的外毒素引起，主要发生于1周龄以内的仔猪，以1—3日龄新生仔猪多见，偶发生于2—4周龄以下的仔猪。发病仔猪由于肠黏膜炎症和坏死以排出红色稀粪为特征，病程短，死亡率高。
非传染性因素主要包括仔猪消化机能不全、日粮抗原过敏、营养因子缺乏，应激因素等。
非传染病病因
仔猪消化机能不全
断奶仔猪从吃初乳变成了以饲料为主，加上断奶应激，降低了酶的水平。据资料表明，断奶后一周各种消化酶活性降低到断奶前水平的1/3.使本来就不足的酶含量更少，影响营养成分的消化和吸收。同时，断奶后，仔猪胃内由于胃酸不足，pH值升高，胃蛋白酶形成减少，对饲料中蛋白质的消化率降低，消化不完全的饲料为肠内致病性大肠杆菌及有害微生物的繁殖提供了有利条件，抑制了乳酸杆菌的生长，最终因消化不良而腹泻。
日粮抗原过敏
胃肠黏膜中存在大量的淋巴组织，通过体液和(或)细胞免疫对抗进入胃肠道的抗原物质。仔猪由于消化道及其酶系统尚未发育健全，尤其是蛋白酶的活性在6—8周龄前很低，在采食饲料时，饲料中的抗原物质，包括无害的蛋白质通常可激发系统的免疫反应，在获得免疫耐受之前，通常要经历一段过敏时期，即饲料抗原引发仔猪发生细胞介导的超敏反应(迟发性超敏反应)，导致小肠损伤。主要表现为小肠绒毛萎缩、隐窝增生，进而引起功能变化而腹泻。此外，由于肠道组织的损伤，病原微生物可乘虚而人，加剧腹泻病程。断奶仔猪在进食固体饲料或变换饲料后，一般3—5天出现腹泻，在无病原微生物的参与下，一个星期左右病情得以缓解。
营养因子缺乏
仔猪缺乏维生素(如叶酸、烟酸、泛酸)、矿物质或其它必需的营养物质(如微量元素锌、硒、铁、铜)，导致抵抗力降低而出现下痢。病仔猪排淡黄色、白色、灰绿色糨糊状或水样恶臭稀粪。
应激因素
仔猪由于自身免疫系统、消化系统及其酶系统尚未发育健全，对各种应激因素如断奶后母仔分离、食物变化、伙伴变化、环境及其温度、湿度的变化等非常敏感，产生一系列应激反应，最终导致采食量下降、消化不良而腹泻。病仔猪排水样或鸭粪样稀粪。
哺乳母猪换料或患病
哺乳期间的仔猪主要通过母乳获得营养，哺乳母猪换料和患病会直接影响乳汁的成分和品质，从而影响仔猪健康。
