在养殖水体中施用或在饲料中添加光合细菌能改善水质，减少耗养，促进鱼虾生长，提高产量。使用光合细菌要注意以下几点：
一、适时使用。光合细菌宜掌握在水温20摄氏度以上时使用。低温及阴雨天不宜使用。
二、看水使用。水肥时施用光合细菌可促进有机污染物转化，避免有害物质积累，改善水体环境和培育天然饲料，保证水体溶氧。水瘦时要先施肥再使用光合细菌，这样有利于保持光合细菌在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成木。此外，酸性水体不利于光合细菌生长，应先施用适量生石灰，水体PH值达标后再使用光合细菌。
三、与肥配用。在池塘施用粪肥或化肥时，配合施用光合细菌效果更为明显，可避免肥料用量过大，水质难以把握的缺点，并可防止藻类老化造成水质变坏。
四、酌量使用。鱼池使用时，每立方水体用2至5克光合细菌拌粉碎的干肥泥均匀撒于鱼池，以后每隔20天左右每立方水体用1至2克光合细菌，对水后全池泼洒。用于饲料添加投喂鱼虾时，按1％的比例拌入。用于疾病防治时，可连续使用。每立方水体鱼池用1至2克，对水后全池泼洒。
五、使用禁忌。光合细菌制剂是活体细菌，药物对它有杀灭作用，因此不可与消毒杀菌剂同时使用。水体消毒后须经过一周方可使用。
